小马子向祁钰汇报说允贤昨夜又发高热,病情愈发严重了,祁钰本怀疑小马子这是在替允贤说话,但小马子一片诚心,向祁钰解释说自己只是不想他们有情人终成遗憾。祁钰来到万安宫,竟问程村霞允贤是真病还是假病,程村霞直言自己与允贤并不交好,没必要替她说话,并说允贤的病并多半是心病,但其在瓦剌的旧病未愈,心病又难去,若是再发展下去,恐怕天命难永。祁钰这才知道事情的严重性,进到寝殿探望允贤,并特许允贤如若能下床走动了,就准她出宫省亲,探望奶奶。
孙太后为了自己遭到祁钰诬陷之事向允贤兴师问罪,祁钰不知悔改顶撞孙太后,孙太后气急无奈,说要联合静慈师太逼祁钰退位,扶英宗之子太子见深即皇位,汪美麟见形势逆转,赶紧拉着祁钰向孙太后认错,孙太后念在祁钰是先皇之子,决定暂且不与他计较。汪美麟向姨妈孙太后进茶,可太后喝了茶就昏迷不醒。原来汪美麟自从上次婆母在姨妈面前受辱,每次去仁寿宫都会在孙太后的吃食里加入一种无色无味的酒,孙太后中过风,吃食中不能有酒,今天又在茶中加了马钱子,太后因此昏迷,状若中风。说完汪美麟又在祁钰面前装可怜,求自裁,祁钰见汪美麟为了自己不惜伤害亲姨母,对她越发信任与怜惜。
汪美麟又谎称孙太后恐怕有意加害于允贤,骗祁钰出宫去找允贤。允贤在宫外调养身体,英宗得知允贤出宫,想办法来看望允贤。允贤从英宗口中得知祁钰是谎称太子得了痘疹,借故“封”了南宫。英宗见允贤脖颈处受了伤,想看一眼允贤的伤口,可英宗刚刚将手伸到允贤颈边,来接允贤回宫的祁钰却正好看到了这一幕,厉声喝止二人,并当即指责允贤与别的男人偷情。英宗听到祁钰如此污言秽语侮辱允贤,扇了祁钰耳光,祁钰以皇帝的身份自恃,呵斥英宗,二人随后动起手来,允贤将二人拉开。允贤质问祁钰如此刻薄地对待自己的大哥,难道还配当一个皇帝吗?祁钰听后更加愤怒,说即便他们都认为自己不配当皇帝,可他如今就是皇帝,并让人捉住英宗,回给他一个耳光后,命人将他押回南宫,将南宫封锁起来,无他命令永世不得解封。
祁钰将允贤带回宫后,积累多日的嫉妒与愤怒将他激得失去了理智,他竟然以强暴允贤的方式检验允贤是否清白。祁钰知道自己犯了错,向允贤道歉,允贤提出让祁钰放了南宫的太上皇,祁钰因此再度心理失衡,拂帐而去,允贤心碎不已。
允贤因太上皇的事一直与祁钰置气,不愿见他,但听宫女绿香说祁钰经常悄悄来看她又怕她生气而不通传,允贤听到此话心渐渐软了下来。祁钰再次来看允贤,允贤说夜里露重,让祁钰进来,二人这才第一次真正地共度良宵,可允贤并非完全心甘情愿,反而对祁钰不乏应付之心。允贤借见父亲杭纲之机,与父亲及奶奶商议如何帮助太上皇一家,杭纲说如今太上皇根本难以得到臣子们的帮助,奶奶则说太上皇后甚至要靠自己做绣获给小太子换羊奶喝。允贤拿出贵重的人参养荣丸及御赐珍珠,让父亲和奶奶拿去周济“南宫”。允贤让绿香托其曾跟随太上皇一起被俘瓦剌的表哥找到李三,他们都是“淘金河边”呆过的人,对太上皇忠心耿耿,定会想方设法帮她运东西去南宫。
孙太后病重垂危,其手下的宫女玉香来找允贤求救,允贤不计前嫌尽力为太后治病,也因此得知了祁钰和汪美麟的所作所为——汪国公曾派人刺杀太上皇,祁钰却将此事嫁祸孙太后;孙太后的“病”也与祁钰汪美麟等人脱不了干系。得知祁钰如此卑劣行径,允贤终于对祁钰失望透顶,但亦无可奈何,只能尽力医治太后。程村霞见太后病情逐渐好转,并未声张,只是独自前往仁寿宫一探究竟,得知是允贤在给太后治病。允贤解开了师兄与师父刘平安之间的误会,程村霞打开心结后,答应与允贤一同医治太后。二人还商议出如何将太后送出宫去,与静慈师太联手逼祁钰还政于上皇。
祁钰心里清楚上皇是有意庇护允贤才临时拟旨命于东洋于朝堂之上宣读,于是更加对允贤心生厌恶,将她禁足于万安宫。
南京水灾之后,发生瘟疫,疫情传入北京。京中疫情险急,祁钰在太监曹吉祥的挑唆下,想趁局势混乱借东厂之手除去为孙太后所用的五城兵马司白晋,没想到,被逼急的白晋不仅将京城大部分兵马带出了城,还将城门反锁,京中因疫症而死的尸体无法运出城门埋葬,疫情更加难以控制,城内哀鸿遍地,连内宫都能听到百姓哭丧的声音。
汪美麟提议祁钰及太后一干人等去内宫里太液池中的小岛上避难,于东洋劝祁钰身为国主此时应坐镇乾清宫,可祁钰却借故推脱。祁钰本欲去万安宫接允贤一同前往,可汪美麟催促他先走,并说她会派人去接允贤。允贤带着宫女绿香坐在汪美麟安排的前往小岛的船上,船行至水中央,船上的小太监竟欲将船凿沉,允贤虽以木板将太监打昏,但船已经进了水,摇摇欲坠,允贤和绿香也因此落水,险些溺水而亡,幸好被御药房的两名医女发现,以麻绳将她们救起。
允贤带同御药房的医女们出宫同太医院及惠民药局的人一起医治瘟疫,允贤发现这种瘟疫的症状很像瓦剌蒙医和她说过的黑死病,记起蒙医都是用大黄汤医治这种疫症,便打算采用此法治疗瘟疫,太医们起初质疑,但院判程村霞却同意并采纳了允贤的建议。允贤见一老伯喉咙被痰卡住咳喘不止,竟欲用嘴去给老伯吸痰,就在这时,突然出现的上皇拉开允贤,用手指给老伯抠痰。原来,京城发生瘟疫之后,看守南宫的太监们都逃散了,上皇得以出了南宫,一来查看京城瘟疫,二来也希望能在医治瘟疫的医者中见到允贤。
上皇与允贤在城中为了治疗瘟疫而奔忙劳碌,甚得民心,上皇被百姓及臣子们视作这次救治瘟疫的主心骨,允贤则因其妙手仁心被百姓奉为观音下凡。在太医院的男大夫和御药房的医女们的共同治疗下,京城的疫情已经得到有效控制,允贤一时兴起,提出要带领众医女与师兄掌管下的太医院进行比试,看哪边治好的病人多。
允贤突发不适,疑似染上疫症,上皇担心,用手去摸允贤的额头看她有无发热之症,祁钰得知疫情缓解出宫查看,见上皇对允贤做出亲密之举,立即将其拉开。祁钰命程村霞给允贤诊脉,程村霞诊断出允贤并未感染疫症,而有了身孕,祁钰连同百姓都十分高兴。
允贤怀孕,祁钰为了孩子的事惊喜非常,话及允贤这次差点遇难的事,他许诺彻查,包括皇后本人。汪美麟得知允贤有了身孕嫉妒得发狂,汪国公劝她冷静,假以时日再下杀手。他们还将允贤落水的事全部推到仁寿宫的小太监身上,并嫁祸孙太后。小马子正要将曹吉祥呈上的密信念给祁钰听,可皇后却在这时赶到,并义正辞严地让小马子当着她的面念信,谁知,这信早就被汪美麟动过手脚,信上直指孙太后才是凶手。但经过汪美麟对孙太后下毒之事后,祁钰其实早就对她不复信任。
也先当上了瓦剌可汗,得知北京爆发瘟疫,欲带领三千使臣来京城打探情况,并意欲与大明会盟。群臣奏请祁钰亲自前去大同与瓦剌会盟,祁钰应允。可汪美麟和吴太后却极力阻止,汪美麟以允贤才怀有身孕几个月需要祁钰呵护为由硬生生地留住了他,而祁钰本也不是英勇无匹之人。与瓦剌会盟之事于朝堂上再议,祁钰却谎称自己跌伤了腿,可群臣却认为他身为国主无论如何也要亲自前往,以免瓦剌再向大明发难,局面僵持之时,上皇走上朝堂,自荐前往会盟。允贤因祁钰推却会盟之事刻意回避他,祁钰因此心情低落,更感慨自己的确不如皇兄,甚至后悔自己当初争下了这个皇位。
也先与英宗会面,也先提议二人赛马结果比为平手,他们互相分析了对方的处境,两人处境其实都不甚好,但上皇却心如明镜,胸怀坦荡,意气十足。也先对英宗说只要大明答应三十年内不对瓦剌发兵,瓦剌愿意再对大明称臣,二人就此立下盟誓。
上皇代大明出使大同与瓦剌会盟大获成功,祁钰大喜,去向允贤传达喜讯,并对允贤说自己对皇兄已无芥蒂,今后定会加倍补偿于他。允贤说及太子之位,劝祁钰不要让自己的孩子去与现太子见深争夺太子之位,祁钰似乎面露不悦。