为了让太后相信自己的确能做出不苦的良药,允贤先将一香包呈给太后,太后闻后觉得心旷神怡。允贤请命再次为太后看诊,以求诊断确实。给太后诊断出病情,允贤说去熬药,实际上却是给太后做了几道“药膳”,太后吃了之后,觉得的确爽口舒心,于是心情大好,赏赐给允贤一袋金瓜子。允贤将太后赏赐的金瓜子赠给了宫女玉香及太后身边的其他宫女,以谢玉香告知她郕王在宫中的住处——北五所。钱皇后亦欲赏赐允贤,允贤却称不要任何赏赐,而只想去北五所见郕王一面,玉香在旁边咳嗽提醒,允贤欲言又止。皇后来给太后请安,又受到太后一顿训斥,允贤以递茶为由打断太后训斥,将太后的火气转移到自己身上,又“耍宝”化解了太后的怒气。
太后眼疾发作,允贤假称可以将太后眼上的疾病转移到脚上,并让太后蒙眼数日,同时劝太后放宽心不要过于操心朝政。几日后,太后的眼疾固然除去,脚上也并无毛病。因允贤用“祝由之术”为太后医好眼疾甚得太后欢心,太医院沸然,程十三首先言语抨击允贤,村霞及众太医亦附和,而刘平安则挺身为允贤辩白,劝众太医承认自己技不如人。钱皇后劝太后好好休养身子,不要过度操劳朝政,且以当年太皇太后压制太后作比,劝太后看到皇已经成年,放手朝政让皇上诸事都能亲力亲为。太后听了钱皇后的一番劝解加之一病想通了许多事情,决定与皇上重修母子情分,还政于皇上,退居后宫颐养天年,但仍与皇上“约法三章”。允贤拿着药方去太医院取药,药方上却无端多了一味“朱砂”,犯了国讳,因而被御药房的侯太监借故重罚。眼见允贤受罚,太后又去了青羊观还愿,玉香急忙去找皇后帮忙,却在路上撞见了皇上,皇上听说了允贤的名姓,立马去一看究竟,并与允贤相认将允贤救走。
皇上将允贤从御药房救出,允贤这才知道原来自己之前交的那个好朋友“郑齐”竟是当今皇上。皇上派人将允贤还活着的消息通知祁钰,祁钰得知心爱之人历劫生还,立即恢复了精神,健步如飞赶到殿上与允贤相见,二人重逢相拥。皇上早知二人两情相悦,于是召来祁钰的母亲吴太妃,打算给祁钰赐婚,吴太妃以为皇上是要给祁钰和安和君主汪美麟赐婚,喜出望外,连连答应,可见了允贤,吴太妃才明白过来原来皇上这是要给祁钰和允贤赐婚,坚决拒绝,称允贤曾上过公堂,有失清誉,且曾抛头露面给男人诊病,有违妇德,故宁愿抗旨也绝不让允贤成为自己的儿媳。
吴太妃因赐婚的事情在殿上晕倒,允贤当即为吴太妃把脉发现太妃的身子并无大碍根本就是假装晕倒,但允贤并未戳破吴太妃的把戏。吴太妃回到住所,太医刘平安为其诊病亦觉得吴太妃身子并无什么毛病,可就在这时,太后却带着程十三来给吴太妃看病,吴太妃给程十三使眼色,程十三则支开众人借诊病之名,行给太妃出主意之实。太后斥责祁钰“见色忘孝,是为大耻”,祁钰因此而心生愧疚。祁钰听了太妃的贴身太监的建议,想让允贤改名换姓,以此掩饰允贤真实身份,改名换姓原是耻辱之事,可允贤为了不让祁钰为难,勉强答应,祁钰也向允贤保证以后再不会让允贤受一点委屈。允贤求见皇上,虽说了自己或将改名换姓的事情,却并非要为自己叫屈,而是借此说出杭家多年前的那桩旧案,并请求皇上彻查此事,找出真凶,为杭家平反冤情,恢复她谭家旧姓。
祁钰带允贤正式拜见母亲,吴太妃表面答应重新看待允贤,见了允贤却又对允贤横加侮辱,说她清白有辱,不守妇德,还禁止允贤以后再研习医术,行医治病,允贤满腹委屈,忍无可忍,说太妃若是看不惯她习医行医,她也不会勉强嫁入郕王府,说完转身离去。祁钰埋怨允贤在母亲面前态度强硬,还表明虽同意允贤继续研习医术,但不愿意允贤以后再出去给人治病,允贤质问祁钰是否忘了当初在绣楼对她说过的话,许下的承诺——支持她的医学梦想。
皇上听宫女丁香说起吴太妃及祁钰竟这般作践允贤,气愤不已,立即去安慰允贤,告知允贤吴太妃一心只想巴结太后,与汪国公结为亲家,好借他们的势力让祁钰成为新君,自己就可以当上皇太后。听完皇上的解释,允贤明白了吴太妃为何百般刁难于她,对她如此不满,允贤也向皇上表明自己的原则和初衷,即无论如何也要冲破一切困难和束缚成为女医。皇上想将允贤安顿在宫中,但眼下允贤既非宫女又非女官,况且允贤也向往在宫外与万宁他们共同研习医术,并可以为百姓治病的自由。但皇上仍觉得允贤现在有家不能回,孤身一个女儿家在宫外实在不妥,且与祁钰的婚事也还悬而未决。况且宫内的太医院也能为允贤精进医术、成就医学事业提供有力支持,于是特许允贤参加太医院的考试。允贤欲拜太医院的刘平安为师,刘平安虽对允贤颇为欣赏,但仍要求允贤通过太医院的考试后方可拜他为师。
太医院众人听说允贤身为女子竟要来报考太医院十分抵触,几乎一致认为若是允贤一介女流之辈考上了太医院有违医道,对他们亦是一种耻辱。而刘平安身为太医院院判,却同意允贤来参加太医院的考试,并以允贤曾经参与医治霍乱以及治好太后眼疾为由力排众议,且以皇上特许堵住了他们的嘴。刘平安还说,如果他们当真质疑杭允贤的才能,大可对五日后的入院考试严格把关,认真出考题。
太医院的考试并非小儿科,不认真下一番功夫是难以过关的,允贤虽有真才实学但也还是为此颇为头疼,于是皇上特地从宫外请来与允贤私交甚好的万宁来为允贤做些指点,万宁将考试形式及考试范围都一一告诉允贤,并给允贤指出重点,帮助允贤复习备考。
程村霞出题恶意为难允贤,逼她在男子身体的隐秘部位扎针。允贤为了过这太医院考试的最后一关,准备硬着头皮扎针。见此情形,刘平安却制止允贤施针,让她放弃这最后一题,而当众宣布收她为关门弟子。皇上封允贤为司药女官掌管御药房,并将御药房迁到长寿殿让允贤领着御药房独占一殿,允贤就此在宫内安下身来,并且可以跟着其师父刘平安潜心学习医术。
钱皇后召见允贤,说允贤现在是宫中的红人,叮嘱她对后宫嫔妃多加提防,不要轻易为后宫嫔妃诊病以免滋生事端。允贤则因宫中流传她与皇上关系亲近的传言,对皇后立下重誓,说自己对皇上绝无半点不该有的心思,且杭家曾受过钱皇后父亲的恩惠,在宫中皇后又对她多有照顾,自己无论是因为过去还是现在都对皇后心存感激。二人互相敞开心扉,就此以姐妹相称。
小马子偷偷告诉祁钰,他听到吴太妃与程十三说话中气十足,不像是有病在身的样子,祁钰这才对允贤当日说母亲装病的事有所醒悟,祁钰继而向刘平安询问究竟,刘平安暗示太妃当日确实身体无恙,祁钰这才彻底明白过来自己委屈了允贤。
波罗洲的渤泥国王携王妃来朝,但刚住进会同馆就因水土不服双双病倒,腹泻不止,太后命允贤三日之内治好王妃的病,否则就对允贤罢官免职且杖责一百,程村霞为了打压允贤,自动请命医治国王与允贤比试。渤泥王妃宁死也不愿服用外族的药,允贤于是从礼拜寺买来酸酪浆给王妃吃下,王妃吃了这酸酪浆腹泻竟真的就好了。程十三原是要布下这个局整允贤,借机将允贤赶出太医院,可允贤竟成功用一碗酸酪浆先于程村霞医治好了王妃,程十三当场被气得脸都绿了。