唐高宗年间,狄仁杰新任汴州判佐。大雨倾盆,淅淅沥沥,仿佛有大事发生的前兆。一男子独立撑伞,在大雨之中行色匆匆。男子回到屋内以后便让家中妻儿赶紧收拾东西去长安,他去大理寺参萧朝天一本。原来这个男子就是汴州县令汪子峰。而他所参之人萧朝天就是朝廷派往汴州驻军的首领萧朝天。妻子蓉儿紧张,想要拦住他去长安。但他态度坚决,说自己决心不能再做萧朝天的扯线傀儡,哪怕他只是一个小小的县官,哪怕萧朝天背后有萧淑妃撑腰,哪怕萧朝天说若是汪子峰敢反他便杀他全家。可谁知他们还未踏出家门,便被萧朝天找上门来。这萧朝天一身锦服,看着便是作威作福之人,手提刀剑,立于府衙门前,杀气腾腾。汪家人面对一群武人,毫无还手之力,家仆四处逃命却没一人逃脱。雨点一颗颗砸在地上,却溅起了血色的水珠。
萧朝天贪赃枉法,无恶不作,就连汴州县令汪子峰也奈他无何,被逼无奈助纣为虐。狄仁杰是新任汴州判佐,得知此事便劝说汪子峰去大理石参萧朝天一本。本来已经约定好今晚启程,谁知当狄仁杰准备去找汪子峰一同出发时,进入衙门后只见一堂鲜血,汪子峰一家惨遭毒手,尸横遍地,无一人幸存。萧朝天杀害汪子峰一家之后,还到处写下“狄”字,意欲嫁祸于狄仁杰,当狄仁杰他们进入衙门查看之时萧朝天便已经领人围住狄仁杰,诬陷他杀害了汪子峰,并将他压入大牢内关押。狄仁杰在被抓之前让书童墨雨前去官道上带领百姓拦路,找会路过此地的阎立本阎大人伸冤。
黑夜中,黜陟使阎立本受皇上急召入宫,此时正带领人马在官道上赶路,尘土飞扬,虽是夜晚却也没有半刻停歇。然时值六月,突然天降飞霜,这不是民间有了重大冤情才会天降异象吗?正当军队停在路中查看之时,一群汴州百姓冲上官道拦路告状请求伸冤,救汴州百姓于水火之中。原本阎立本因有皇命在身,无法前去查案,正欲离开之时,书童墨雨炸了官道,道路被阻,阎立本无法离开,只能在此等待道路清理好后再出发,所以决定趁这段时间前去查案。
阎立本于是来到狱中见狄仁杰,还未踏进牢狱大门便听见了狄仁杰教给百姓传唱的萧朝天的罪行之歌,心中已对此人有了几分欣赏。见到狄仁杰之时,只见此人在牢狱中也毫无狼狈之相,反而风度翩翩,冷静沉着,丝毫不因自己即将被处决而有半丝慌张。阎立本发现在狱中狄仁杰可以自由出入牢狱,牢内官兵解释说相信狄大人肯定不会逃,所以并未关押他,可见狄仁杰深得民心。见到狄仁杰所写洗冤录之后,他更是心中对狄仁杰存了几分信任与欣赏。谁知阎立本刚欲带狄仁杰前往衙门让他自证清白,便遇一蒙面红衣女子闯进衙门,要杀死狄仁杰。正当狄仁杰命悬一线之时,一蓝衣女子闯出救了狄仁杰。最终两名女子劫走了狄仁杰。
原来劫走狄仁杰的两名女子是通缉要犯红巾、蓝绫两姐妹,平日里喜欢劫富济贫。两位女子爱上了同一个男人逆天,逆天抛弃了妹妹红巾和姐姐蓝绫在一起了。汪子峰因为逆天是个山贼而处死了他。两姐妹误以为狄仁杰杀死了汪子峰,姐姐认为汪子峰杀死了自己的爱人,而狄仁杰杀了汪子峰,于是对自己有恩;妹妹则认为汪子峰杀了负心汉,而狄仁杰杀了汪子峰,于是对自己有仇。于是一个要杀,一个要救。狄仁杰解释汪子峰并非自己所杀,要求两姐妹随他去衙门,便能得知真相。
萧朝天听闻阎立本要调查这件事情之后,要求手下一个时辰之内杀掉狄仁杰并前往县衙。而在衙门等待的阎立本正在感慨狄仁杰是个断案人才,萧朝天带人到达了衙门。萧朝天要求陪阎立本进入案发现场,陪同他调查案情。
市集街上,灯火通明,却空无一人。狄仁杰和红巾、蓝绫两姐妹被萧朝天的人马埋伏,幸而她们两姐妹武艺高超,刀光剑影之下,也护住了狄仁杰,打退了萧朝天派来的人且毫发无伤。
解决了一批萧朝天派来的人之后,红巾、蓝绫两姐妹本欲赶紧护着狄仁杰往衙门赶去。谁知萧朝天派来的人却层出不穷,一批接着一批。武六武七两兄弟在萧朝天手下做事,现在奉命取狄仁杰的命。在和武六武七的打斗之中,红巾和蓝绫都受了伤,眼见又一批萧朝天的人赶来,他们三人只好不再纠缠,用一个烟雾弹脱身。
狄仁杰一行人又遇官兵,遭遇追杀。追杀之人还未到,狄仁杰观察四周,心中通透,一下子便想出了好计策来脱身,他让两位姑娘待会躲在他身后便好。正当红巾蓝绫两姐妹表示怀疑狄仁杰能否护住他们之时,武六武七已经带人将他们三人堵在街道中央。狄仁杰用红色染料在地上画了一个圆圈圈住他们三人,并说这是追杀他们的人的葬身之地。武六武七兄弟命人放箭后本欲杀掉他们三人,却不想自己放的箭弄断了绑路边灯笼和布袋的绳子,引发了一连串的崩塌,官兵被困其中。狄仁杰未动一兵一卒,就将拦路官兵打退,带着两位姑娘利用绳子逃脱。伴随着刚才狄仁杰利用的机关,漫天烟花炸成一片,烟花烂漫,照亮了墨黑的夜色。狄仁杰和两位姑娘在空中利落离开,只留下地下一群官兵狼狈不堪。两位姑娘见此场景,都不禁露出了赞许之色。
衙门之内,公堂之上,萧朝天向阎立本表示自己已派人追杀狄仁杰,狄仁杰杀害汪子峰一案证据确凿,自己会向阎立本演示案情。明明是萧朝天当着汪子峰的面,先是杀害了汪子峰年仅五岁的儿子,又是一刀落下,要了汪子峰妻子的命。汪子峰濒临崩溃边缘,想和萧朝天拼命,却被萧朝天一刀钉死在墙上。手段残忍至极,萧朝天毫无感情,冷酷残暴。偌大的府衙,已变成地狱一般。萧朝天当着阎立本的面,将此番残酷的场景描述出来,却将杀人凶手换成了狄仁杰。此时阎立本注意到钉死汪子峰的墙上留下了刀尖,而与萧朝天所用之刀,刀尖刚好被折断了。心中思索之时,萧朝天已然动了杀机,眼神中尽是残暴和冷血。
当狄仁杰带着两位姑娘赶到衙门之后,阎立本却一改之前的态度,劝狄仁杰束手就擒,赶紧认罪,之前断在墙内的刀尖也已经不见了。沿着血脚印,狄仁杰发现取走刀尖的人就是阎立本。原来萧朝天以汪子峰为例,要挟要对付阎立本的家人,并且说自己有萧淑妃撑腰,就算被抓紧大牢,仍然不能把他怎么样。萧朝天要求阎立本将刀尖扔掉,假装不知道此事。面对狄仁杰的追问,阎立本神色慌张,眼神躲闪。萧朝天将狄仁杰一行人押到外面,即时处决。
赵统领来告知阎立本官道已经清理好了,要求阎立本赶紧启程。阎立本立在公堂之上,心中郁郁,又充满愧疚,奈何自己实在又担心祸及妻儿,气愤无比,双手紧攥,面色铁青。阎立本离开路上一直心中思索,觉得自己这样愧对自己,愧对汴州百姓,也愧对皇上,于是半路折回,准备还狄仁杰一个公道。
萧朝天拔出剑来,准备处决狄仁杰,百姓都跪在地上,恳请放过狄仁杰,连声叫冤,却奈何不了萧朝天。萧朝天正欲挥刀取狄仁杰人头,阎立本突然赶回,揭发萧朝天的罪行,将刀尖拿出来指证萧朝天是杀害汪子峰的凶手,要求将萧朝天拿下候判。萧朝天此时突然发难,抓住阎立本,欲先杀掉阎立本,再去禀告皇上。狄仁杰突然拿出自己的笔,笔中射出珠子,打中阎立本,将他捉拿。
萧朝天亮出身上穿的萧淑妃所赐的麒麟黄袍,嚣张地放言除了皇上,谁都不能斩他,他倒想看看谁能奈他如何。此时,赵宝却杀了萧朝天,因为皇上有旨,任何人阻碍阎立本进京均可斩。萧朝天死了,汴州的百姓高呼感谢阎立本和狄仁杰。阎立本称赞狄仁杰是汴州城的一颗明珠,相信他日,狄仁杰定会大展锋芒,造福大唐。
狄仁杰证明了他自己不是杀死汪子峰的凶手,萧朝天也得到了应有的报应。红巾表示此处也没有她与蓝凌的事,不过蓝凌却指出她与红巾之间的事还没有结束。阎立本感慨若不是昨晚临行前狄仁杰振聋发聩的一番言语,他可能已经成了另外一个汪子峰,从此受萧朝天的控制。当然,阎立本也要感谢炸毁官道的墨雨,否则汴州也没有惊心动魄的漫漫长夜。阎立本欲推荐狄仁杰去长安为官,狄仁杰推辞,他更愿意留在汴州,远离庙堂,这样可了解百姓的疾苦,为百姓做点实事。
红巾与蓝凌在树林外欲决斗,蓝凌称她与红巾虽然不是亲生姐妹,但从小被师父收养在门下,感情如同亲姐妹,而狄仁杰说得对,她们不能因为一个男人而伤了感情,两姐妹和好如初。蓝凌指出她们现在去大漠报仇再回汴州履行诺言。
阎立本感慨狄仁杰的笔不仅能写洗冤书,还能击退萧朝天,真可谓是出神入化,而他想知道这支笔的来历。狄仁杰解释这支笔是他家的家传之物,笔杆是由玄铁熔铸,笔尖是由天蚕丝制成,沾墨速溶,风干后却又坚硬无比。也是他的一位朋友教他如何使用这支笔来防身的。阎立本得进宫面见皇上,便同狄仁杰道别。
狄仁杰与墨雨打算立刻赶回衙门,释放那些无罪的百姓,结果狄仁杰却被红巾与蓝凌拦住去路。原来红巾与蓝凌要一生一世为狄仁杰的奴婢,侍奉狄仁杰的左右,只是她们现在有重要的事要解决,待事情解决后再回来履行诺言。狄仁杰无奈只得答应,墨雨则在一旁幸灾乐祸。
萧淑妃因萧朝天事发在皇上面前表示愿捐出所有财物给汴州的百姓,并请求皇上降罪于她。皇上指出萧朝天犯罪与萧淑妃没有关系,他不会追究萧淑妃的责任。萧淑妃叩谢皇上恩德,并会加倍地用心侍奉皇上。萧淑妃在皇上面前惺惺作态,这让皇后很是不爽。焦晋问皇后是否按原计划接武媚娘进宫,皇后表示武媚娘很可能是懂妖术的狐狸精,所以她才不会接武媚娘进宫。
墨雨询问狄仁杰,阎立本若没有带兵返回,狄仁杰是否束手就擒。狄仁杰没有想过这个情况,因为他知道阎立本肯定会返回,而阎立本是个好官,为阎立本冒险非常值得。有人送来一封请帖,是长安大理寺少卿王浩德的义妹王昭燕三日后在长安成亲,邀请狄仁杰去参加。墨雨感慨当初汪子峰邀狄仁杰去长安找王浩德帮忙,参萧朝天一本。如今此案了结,狄仁杰还是要去长安。狄仁杰却说他不去,墨雨知道狄仁杰不去是因为药王庄主慕容清,而慕容清与王昭燕是好友,一定会参加婚礼。
王昭燕不愿成亲,王浩德解释王昭燕与天威堂的婚事是在娘亲在世时就定下来的,他也毫无办法。既然如此,王昭燕决定就出嫁。当初说不参加婚礼的狄仁杰却出现在了天威堂,而天威堂张灯结彩喜气洋洋。墨雨向狄仁杰汇报天威堂堂主也是新郎仇一帆请来了阎立本作为主婚人,仇一帆与阎立本情同父子,而慕容清的名字也在宾客名单上面。墨雨好奇三年前狄仁杰在药王山庄拜师学艺,到底与慕容清之间发生了什么事,导致狄仁杰在离开之后便不愿再见慕容清,他怀疑狄仁杰是做了对不起慕容清的事。
阎立本与仇一帆等人前来喜堂,墨雨介绍阎立本身边的白衣男子是同为大理寺少卿的蒋昊晨神判,而另一位则是仇一帆的结拜兄弟长乐帮的帮助常振风。大喜的日子,狄仁杰却发现新郎官仇一帆看起来并不高兴。此时喜轿前来,中了蛊毒的新娘王昭燕从轿子里出来,口中喊着是仇一帆要杀她。与此同时慕容清出现,她用玄丝神针控制了局面,同时指出王昭燕中了蛊毒,谁要是敢接近王昭燕,下场便会跟王昭燕一样。狄仁杰在看见慕容清后却紧张害怕不已。
王昭燕中的是蛊毒,不宜留在人多之处。慕容清吩咐慕容宝将王昭燕的尸体移到后园无人之处,不要揭开布幔,十丈之内生人勿进。白衣神判蒋昊晨奇怪王昭燕死前为何对仇一帆说那番话,仇一帆有些慌乱,他赶紧解释王昭燕的死与他无关。蒋昊晨便安排大风立刻赶往大理寺,向王浩德汇报这边所发生的事。
慕容清指出蛊毒发作最快需要一个时辰,因此不能说出午时之后行踪的人便是凶手。蒋昊晨审问仇一帆午时之后在什么地方,结果仇一帆没有回答,而是一直望着门口。在远处的狄仁杰自言自语道既然不是仇一帆杀的王昭燕,那仇一帆为何一直看着门口,不过狄仁杰也知道王昭燕确实不是仇一帆所杀。
仇一帆无话可说,蒋昊晨下令将仇一帆收押进大理寺候判。此时常振风站了出来,他指出谁要敢动仇一帆,得先过他这一关。结果仇一帆却对常振风动手后逃回屋内,阎立本下令抓住仇一帆。慕容清冷静地说不需要,因为仇一帆逃不出她的一根线,再说仇一帆也是她引出狄仁杰的鱼饵。
狄仁杰在一旁观察墨雨与仇一帆打斗,阎立本相信智慧过人的狄仁杰一定能查出王昭燕的死因。狄仁杰不知道是谁杀死的王昭燕,但他却可以证明仇一帆不是杀害王昭燕的凶手。狄仁杰下令给仇一帆松绑,慕容清在犹豫了片刻后给仇一帆松绑。
狄仁杰称谋杀需要有动机,天威堂的招牌虽然是百年金漆,但近两年来接连失窃了几批贵重货物,使得生意一落千丈。而王昭燕的大哥王浩德贵为大理寺少卿深得皇上的信任,前途不可限量,所以仇一帆可以靠着这门亲事夫凭妻贵,根本没有杀死王昭燕的理由,而证据就在所有人的身上。
天威堂有喜事,街上处处燃放鞭炮,走在街上之人鞋底均会沾满鞭炮碎屑。既然仇一帆没有离开天威堂,鞋底肯定没有沾满鞭炮碎屑。狄仁杰让仇一帆抬起左脚,结果鞋底却沾有鞭炮碎屑。阎立本解释仇一帆去门口迎接新娘,鞋底沾满鞭炮碎屑实属正常。既然如此,狄仁杰又让仇一帆抬起右脚,而鞋底沾满马粪。狄仁杰可以肯定午时之后仇一帆去过马厩,并且在喜轿未来之前,一直在马厩之内。
仇一帆在马厩约了旧情人凝香,这个凝香是常振风的妹妹。凝香怀了仇一帆的骨肉,所以仇一帆杀了凝香,证据就是仇一帆的剑上还有未干的血迹。原来凝香威胁仇一帆不同她一起离开,她就去喜堂面前死在宾客面前,仇一帆只得杀了凝香,并将凝香的尸体埋在马厩内。蒋昊晨在狄仁杰分析这些时就已派手下去马厩搜查,果真搜出凝香的尸体。蒋昊晨感慨狄仁杰果然机智过人。
仇一帆杀害凝香一案证据确凿,蒋昊晨下令将仇一帆押入大理寺。狄仁杰恳请蒋昊晨破例让常振风与仇一帆江湖的事江湖了,既然如此,蒋昊晨表示只要仇一帆可以杀了常振风,他就答应将仇一帆无罪释放。仇一帆与常振风比试,常振风则一剑杀了仇一帆。仇一帆在临死前喊着狄仁杰的名字,狄仁杰称他早说过是为受害者洗冤的。
常振风欲将长乐帮送给狄仁杰,而他会立刻公告江湖从今天起,狄仁杰就是长乐帮的帮主。狄仁杰自言自语道自己受朝廷的俸禄,怎么可能当长乐帮的帮主。阎立本正看着“义薄云天”的牌匾感伤时蒋昊晨前来见阎立本,蒋昊晨见阎立本如此伤心,打算出去在门外等候。阎立本拒绝,虽然他难以接受仇一帆的事,但仇一帆也是罪有应得。阎立本请蒋昊晨过来是问蒋昊晨觉得狄仁杰这人如何。