武仲明带着游击队的人伪装成保安团的人在道观找到了侯文选,侯文选见到武仲明后很惊讶。孙洪等人把侯文选抓捕后就离开了,武仲明并没有严刑逼问侯文选,他告诉侯文选他想救他,武仲明说完后就洗脚休息了,这可急坏了侯文选,追问武仲明要如何救自己。武仲明表示侯文选要想离开随时可以走,但他将事态的严重性告诉了侯文选,他故意吓唬侯文选说刘天章已经把他供出来了,徐亦觉也抽身不管他,宣案的所有罪行可能都得由他来扛。这可把侯文选彻底急坏了,侯文选表示宣侠父不是自己杀的,他让武仲明帮他想个办法,武仲明建议侯文选去找汪团长让他帮忙想办法。
侯文选带着武仲明和罗子春来见汪团长,武仲明表明自己是来查宣侠父失踪案,汪团长听后十分震惊,急忙询问这个案子和侯文选有什么关系,侯文选终于说出了实情,是军统的人让他找洪老五绑架的宣侠父,而他还是军统的地下人员。武仲明想趁此让侯文选说出实情,侯文选刚想说但被汪团长制止了。汪团长询问武仲明官居何职,在武仲明说出自己是蒋介石任命的破反专署上校专员后立马肃然起敬,并埋怨侯文选见钱眼开。武仲明继续劝说侯文选并表明自己会救他,汪团长也劝说侯文选赶快说出实情,侯文选终于松口了。
武仲明让汪团长和罗子春去找记录员,来写下侯文选的口供。路上汪团长问罗子春武仲明叫什么,罗子春如实相告,这时候汪团长想起打伤何副司令的人就是武仲明,顿时脸色一变。侯文选终于将所有事情一五一十说了出来,他是两年前加入军统的,那时徐亦觉还没来西安,他当时负责跟踪周恩来和林伯渠,在徐亦觉来了西安后,他就负责跟踪宣侠父,国民党一直就想除掉宣侠父但一直没有动手。后来胡慕雄给总局打电话让撤掉跟踪宣侠父的人,侯文选就没继续跟踪。可是过了一段时间,丁一又找到他说上头要密捕宣侠父并有两千块的奖金,于是侯文选为了钱就答应了他。丁一让侯文选带人埋伏在尚朴路平民坊,本来他计划的很好但却被中统的人给打断了,他在处理了林组长的车后就回家了,至于之后发生的事情以及宣侠父是死是活他都一概不知。而且究竟是谁下的命令抓捕宣侠父他也不知道。同时侯文选也交代了武仲明家发生血案那天的事,就在这时,何副司令过来了,何副司令当然不会放过这个教训武仲明的大好机会,武仲明深知何副司令不会善罢甘休,于是武仲明就将自己被游击队伏击的事说了出来,问责何副司令,一时间何副司令也拿他没办法。
何副司令对游击队也很是恼火,但他也不想放过武仲明,于是他和汪团长秘密拟定了一个计划。武仲明建议侯文选去武汉告御状,侯文选思索再三听从了武仲明的提议在自己的口供上画了押,武仲明见此也松了口气。
武仲明和罗子春在送走了侯文选后,就被何副司令带人包围了,原来之前何副司令就和汪团长商量好了要借游击队的名义弄死武仲明。就在汪团长准备将武仲明绑起来时,周排长带着十七集团军的人赶到将汪团长打死了。
很快武仲明回到了西安,刚回到行营就遇到了徐亦觉,徐亦觉问他蒋宝珍的下落,武仲明对蒋宝珍没回到行营感到很惊讶。蒋敬文把武仲明叫过去兴师问罪,蒋敬文对于武仲明把蒋宝珍一人留在东郊别墅的事情很生气,下令徐亦觉和武仲明带着师应山一起寻找蒋宝珍。这时刘天章带着蒋宝珍回来了,蒋宝珍看到武仲明的第一件事就是给了武仲明几巴掌。蒋敬文见状把众人赶了出去,只留下了蒋宝珍,片刻之后,蒋敬文便拿着枪怒气冲冲的冲了出来。
蒋敬文见状把众人赶了出去,只留下了蒋宝珍,片刻之后,蒋敬文便拿着枪怒气冲冲的冲了出来。正当众人以为他要对付武仲明时,想不到他居然直接冲向了刘天章。刘天章一时间不知所措,急忙解释这一切和自己没关系是蒋宝珍要求的要和自己联手,蒋敬文不听,最后没办法,刘天章拿出了徐恩曾的密令才得以逃脱。但蒋宝珍但对于武仲明还是不予理睬。
晚上武仲明找来了师应山,两人一起喝酒。武仲明告诉师应山刘天章现在是中统总局的特使,这让师应山大为恼火。同时师应山对武仲明的身份也产生了怀疑,但现在最重要的事就是扳倒刘天章查出宣案的真相,所以师应山也没有追究下去。而另一边,刘天章拿着密令找到了罗子春。刘天章询问罗子春武仲明这两天的行踪,罗子春表示自己不想再管这件事只求刘天章放了小玲和她娘。刘天章不答应,因为蒋宝珍骗了刘天章,刘天章怀疑蒋宝珍也是中共,于是他要求罗子春杀了武仲明和蒋宝珍两人中的一个,并以小玲和她娘作威胁。武仲明交代师应山两人以后少见面并将石孟留给他的工具包交给了师应山,他还告诉师应山熬过这段时间两人就以兄弟相称。
武仲明醉酒回家,罗子春知道这是杀掉武仲明最好的时机,他拿着枪对准了武仲明,但最终还是下不去手。第二天武仲明 告诉了罗子春蒋宝珍帮助他的事,罗子春提出要见蒋宝珍。就在两人出门时遇到了在门外等候多时的杨秘书,原来胡慕雄派杨毅来接武仲明去他家做客。
杨毅带武仲明来到了胡慕雄的公馆,两人进到屋子里,杨毅就从口袋里拿出了一枚古币,武仲明将自己的古币对到一起确定了杨毅的身份。杨毅告诉武仲明周恩来很担心他的身体并叮嘱他要及时用药,武仲明让杨毅转告周恩来他的身份已经暴露了,杨毅说周恩来决定等这次任务结束就把他接去延安,但武仲明表示自己走到今天很不容易,他不会轻易离开西安的。他还告诉杨毅蒋宝珍是军统特务,但杨毅告诉他蒋宝珍是自己人,这让武仲明非常震惊,他想起蒋宝珍所做的一切,这让武仲明感到非常内疚。武仲明告诉杨毅如果没有蒋宝珍,他不可能多次化险为夷,而自己却差点害死她,他感到非常懊悔,武仲明此刻非常想见蒋宝珍,但杨毅表示现在不是时候,两人现在还是要装作敌对铲除刘天章。最终武仲明还是见到了蒋宝珍,虽然仅仅只是在街上匆匆的一面,但这一面却包含了千言万语。
刘天章接到延安高层的线报说蒋宝珍是中共,这让刘天章非常气恼,对于蒋宝珍的欺骗,刘天章几乎陷入癫狂了,更想杀了蒋宝珍。刘天章的手下去劝说刘天章别杀蒋宝珍,刘天章表示自己有免死金牌,他拿出了一封信并交给了他的手下,他告诉手下如果自己出事了就把信交给徐恩曾。
刘天章去找徐亦觉告诉他武仲明和蒋宝珍都是共产党,他向徐亦觉借人除掉他们,但徐亦觉不相信刘天章的话。在胡慕雄的公馆,罗子春借蒋宝珍的名义把武仲明叫了出去,出去后罗子春便掏出了自己的枪,杨毅察觉出不对劲,他和周排长出去后看到了罗子春拿着枪要杀武仲明,两人便开枪将他打死了。这一切都被丁一和刘天章的手下收入眼底。
杨毅检查过罗子春的枪发现里面竟没有子弹,便派人去追赶丁一和刘天章的手下。武仲明抱着罗子春的尸体失声痛哭。最终刘天章的手下落网,而丁一则跑去找徐亦觉请求帮助,但最终因为罗子春的死而异常愤怒的武仲明没有放过他=-打伤了丁一,让师应山将他带走了。师应山将为何抓捕丁一的原因告诉了徐亦觉,同时徐亦觉也告诉师应山侯文选是军统的人并且身上背负着党国机密,他让师应山如果知道侯文选的下落要及时告知。师应山对徐亦觉所说的情况表现出很震惊样子,并告诉徐亦觉侯文选离开的原因是因为欠了赌债。
侯文选在游击队的护送下抵达了武汉,引起了武汉的轰动。张毅带着侯文选回来亲自审问丁一,但丁一一直不开口,这时武仲明向张毅推荐由徐亦觉来审讯丁一。徐亦觉去见了丁一,丁一求徐亦觉帮帮自己,丁一表示自己之所以伙同刘天章刺杀武仲明是不想给宣侠父陪葬。最终徐亦觉决定舍弃丁一并表示自己会帮丁一照顾好他的家人。丁一最终将当晚杀害宣侠父的过程给说了出来,但他将这件事全部揽在了自己的身上。而对于刺杀武仲明一事,丁一表示刘天章是主谋,他只不过是帮他们把风,而对于前三次对武仲明的谋杀是因为武仲明追查得太紧。他将刺杀的经过都一一交代清楚了。随后,张毅又把刘天章带来了审讯室,但刘天章拒不承认自己要刺杀武仲明,并表示这一切都是罗子春自己的主意。这时张毅将丁一、张小玲和他的副手的供词都拿出来了,这让刘天章无言以对甚至陷入了癫狂。
刘天章最终进了监狱,他要求见武仲明,对于自己输给武仲明这件事很不甘心,甚至他怀疑葛寿芝也是共产党。武仲明说刘天章之所以败就败在了自己的极端性格上,这让刘天章彻底陷入了疯狂。
而在刘天章被逮捕后,杭力坐上了中统调查室主任的位子,而刘天章的手下也没有听他的吩咐把信交给徐恩曾,他反而把信交给了杭力。杭力在看过信后便交代师应山把他除掉,原来这封信是蒋敬文拨给刘天章杀洪老五的活动经费的凭证。
师应山等这一天等很久了,他带着装有河豚毒威士忌让刘天章从三杯酒中选一杯,刘天章此刻还想挣扎,他求师应山让他给徐恩曾打电话,这时师应山说出了密信的事,并表示是杭力要杀他。刘天章此时才知道有那么多人想要杀他,他终于死心准备喝酒自杀时,师应山打掉了他的酒杯并表示不会让他死的那么痛快。师应山说出了自己与石孟的关系,刘天章知道自己已经必死无疑,他的眼前仿佛出现了被自己害死的罗子春和石孟等人。
师应山告诉张毅刘天章自杀了并把刘天章留下的经费批条交给了张毅,武仲明建议张毅将此凭证保留下来,于是张毅便把它交由武仲明保管。张毅被这些事情弄得焦头烂额,他询问武仲明该如何处理这些事,武仲明表示刘天章、侯文选都是中统的人,应该上报军委会让中统也派人参与其中。张毅同意了,于是葛寿芝也来了西安。
武仲明来到徐亦觉的家中劝说徐亦觉,让徐亦觉不要坐以待毙,但徐亦觉不愿出卖自己的长官,武仲明极力劝说他甚至将刘天章留下的奖金凭证给徐亦觉看,但徐亦觉还是闭口不说。这时徐亦觉得知自己有了孩子,他的妻子劝说他当英雄不要当替罪羊,这让徐亦觉陷入了两难。
最终宣侠父的遗体在下马陵的一处枯井里找到,同日,杀害宣侠父的案犯丁一侯文选等人也伏法。武仲明、云渠和胡慕雄都来送别宣侠父的遗体。
案件最终查到了蒋敬文的身上,武仲明对于宣侠父这么一个爱国将军,被一群小人残害丢在了一口枯井里感到愤懑不平,他知道这背后操控的一定是更大的人物。
武仲明对与宣侠父的死感到愤懑不平,他问胡慕雄究竟是谁在操控着这一切,。胡慕雄表示这一切的根源就在于特务制度,一个他最不屑的制度。武仲明表示自己不会善罢甘休一定会追查到底。胡慕雄表示他以前以为是蒋敬文在背后操控的一切,但时至今日他确定背后有一只看不见的手在操控着他的命运,他也很想知道究竟这一切是谁搞的鬼。武仲明知道自己走的是一条不归路,所以他决定与胡慕雄撇清关系,继续追查到底。
武仲明、张毅和葛寿芝拿着刘天章和徐亦觉的那两张奖金凭条出现在了蒋敬文面前,蒋敬文开始坐立不安了,张毅提出要将徐亦觉停职查办,但蒋敬文誓死要保徐亦觉。这时武仲明当着他们三个人的面将两张凭条给烧毁了,这让葛寿芝和张毅很气愤。蒋敬文见把柄没了立刻将自己心中的怒火发泄出来,他称密查宣侠父是受人利用,目标直指葛寿芝和张毅,放话要将二人赶出西安去。蒋敬文离开后徐亦觉和蒋宝珍进来要送葛寿芝和张毅离开西安,这时武仲明发病了,葛寿芝把武仲明送回了家。
在武仲明的家门口布满了军统的特务,而武仲明的房间也被徐亦觉和蒋宝珍监听,葛寿芝对于武仲明擅自烧毁凭证的做法很是气愤,他认为武仲明这么做是为了蒋宝珍,武仲明表示并不是这样的,他是为了葛寿芝和他们的事业才烧毁凭证的。武仲明的一番说辞并没有让葛寿芝满意,而葛寿芝承认了向蒋介石密裁宣侠父的人就是他,他的手上有一股力量,就是以他为首的自新分子,他想通过密裁宣侠父这件事来获取蒋介石的信任,以此将自己手中的力量发展成可以和中统、军统抗衡的第三方力量。葛寿芝将所有一切都和武仲明说了,而之所以选武仲明当破反专员是陈诚和周恩来的决定,他不过是做个顺水人情。本来似乎已经成功了,可是武仲明再一次因为查菊剑的事功高盖主,让形势变得无法控制。这时葛寿芝对武仲明已经起了杀意。蒋宝珍听后感觉不妙便带人冲进了武仲明的家里,葛寿芝将蒋介石给他的手谕交给武仲明,让他凭此来救自己的命。葛寿芝想要离开但被武仲明叫住了,武仲明知道自己脑袋的那一枪是他下的手,他明白在葛寿芝的眼中不过是个工具。于是武仲明当着徐亦觉和蒋宝珍的面开枪打死了葛寿芝,这一枪让徐亦觉相信武仲明是共产党,他用枪指着武仲明但始终下不去手。
最终武仲明带着手谕离开了,徐亦觉接到局座的电文,他让徐亦觉不惜一切代价拿回蒋介石的手谕,徐亦觉只好下令追捕武仲明。待徐亦觉等人走后,蒋宝珍望着手里的手谕泪如雨下,原来在刚才握手的时候武仲明就把手谕交给了她。武仲明在被追捕过程中身中数枪,八办的人和师应山纷纷前来营救武仲明,武仲明枪里的子弹已经耗尽后,他躲到了一条巷子里,想起了武伯英死亡的真相。天空下起了大雨,最终云处长抢先一步将武仲明救了出来,云渠想把武仲明带回八办,但武仲明坚持要回行营,因为那里才是他的归宿。
武仲明回到了破反专署,他表示把立功的机会留给徐亦觉,他握着徐亦觉的手自尽了,就如同他的哥哥武伯英当初那样。武仲明的死对徐亦觉打击很大,他瘫倒在地甚至都站不起来。蒋敬文将武仲明不公开死讯、不公开身份的形式给厚葬了。
蒋宝珍继续以军统身份为党工作,在解放战争中与杨辉联手获取了重要军事情报。师应山也成为了一名中共特工,西安解放前夕,策反西安军警大投诚。沈兰在延安伤愈后继续从事电讯监听工作。
在中共强有力的证据和问责下,蒋介石终以宣侠父是我的学生因为不听话而杀之为理由搪塞,同时坐实了国民党是破坏抗日民族战线始作俑者的骂名。一个月后武汉会战失利,广州和武汉三珍相继失守,抗日战争进入相持阶段。两年后黄桥事件、皖南事变相继爆发,国民党同室操戈,国共两党在抗战中走向又一次分裂。这是两个政党的悲剧,更是中华民族的悲剧。人固有一死,或轻于鸿毛,或重于泰山。在中华民族面临为难之际,有这样一群人为了民族大义,为了四万万同胞的尊严和自由,他们挺身而出,放弃各种恩怨,甚至是自己的生命。他们是为了人民利益而牺牲的,他们比泰山还重。