安全区红十字会发现了奄奄一息的豆蔻,由于血库的血不够,威尔逊医生一边给豆蔻做手术,一边为她输血,手术虽然成功,但接下来要看豆蔻的造化了。
法比等人挖了好几天好不容易看到类似墙的东西,就在大家以为挖通这堵墙对面是下水道时,阿顾告诉他们那是教堂的地基,大家绝望地在地窖里哭起来。
隔天塬田带着孟司长来到教堂,日军们俨然已经把教堂院子当做埋葬尸体的地方。塬田允许孟司长进入教堂与他女儿见面十分钟,孟司长进去后便被法比带到地窖下他们挖的地道里,法比请他帮忙鉴定这地道是否还能挖得通,孟司长告诉法比继续挖下去,对面依旧是墙。
孟司长拿口红在地图上标出方向,让法比往这个方向继续挖。十分钟到了孟书娟却还没回到地窖,孟司长只好掸掉身上的土离开教堂,孟书娟听到爸爸来了便要打开大门冲出去,法比及时拦住她,她只能透过门缝看着门外的爸爸并拿相机拍下爸爸的背影。
阿顾出门打水被几名日军拦下,他们一件件地搜查阿顾身上的物品。日军不停地往教堂运送尸体,他们把尸体埋在教堂院子里的大坑中,孟书娟在钟楼上拿相机拍下了日军的一幕幕罪行。
浦生靠着意念爬到了安全区,他慢慢地一床床寻找豆蔻,他找到了被绷带几乎裹住全身的豆蔻。浦生用尽全力抱住豆蔻,他哭着说以后再也不分开,重伤的豆蔻也流下了热泪。
这时日军部队来到安全区搜查里面是否窝藏了中国士兵,他们找到抱着豆蔻的浦生后,拿着刺刀不停地刺着浦生,费驰与魏特琳也没能拦下他们,浦生以抱着豆蔻的姿势死在了安全区。
福井告诉法比,日军在收尸时发现了一个穿着神袍的男人,他觉得那人应该是教堂里的人便让法比过来认领尸体,那人正是阿顾。
本来阿顾去小河岔打水,日军让他帮忙干活他便乖乖地干了,由于太累阿顾坐在一旁准备歇会儿再回教堂。一群日军扶着一名受重伤的日军路过,日军看到坐在地上的阿顾就毫无理由地拿刺刀把他杀了。
法比独自一人把阿顾的尸体拖回教堂,与那些中国百姓的尸体埋在一起。法比把阿顾被杀的事情告诉神父,神父让他开车带自己去安全区找费驰,福井等人拦住法比与神父,不允许他们开车出去。神父拿出日文的纸条告诉福井他们需要去医院,福井依旧不肯放行,没办法法比只好带神父回到教堂。
英格玛神父来到地窖向妓女们忏悔,玉墨问他为何突然这样做,神父告诉她们当初日军邀请女学生去晚宴时,他曾想过让妓女们代替女学生们去参加,可法比斥责了他。
法比指责神父并没有把妓女们当人看待,妓女们与女学生们一样都是人,可神父既然有让妓女代替的想法就是认为妓女们肮脏而丑陋,女学生们纯洁而美丽,法比表示教堂里的每一个女人都不能落到日军的手里。
玉墨劝神父不要自责,她没有觉得被神父冒犯,神父想让妓女们代替女学生们参加晚宴也是情理之中,毕竟妓女们是下九流。
尸体太多,教堂院子里大坑不够埋,塬田让手下拿来了测量器在教堂后院布置炸药准备爆破,杨柔淇与李全有就躲在教堂后院的棺材里,可他们没办法出去。
英格玛神父拦住塬田并告诉他教堂后院埋葬的都是圣马德伦教堂的历代神父,这里不能作为日军埋尸坑,偌大南京城不止有教堂能埋尸体,塬田根本不理会神父的话,他拿起刺刀架在神父的脖子上,神父不为所动。
塬田按原计划让手下在教堂后院进行爆破,神父被爆炸声震晕,日军们把神父抬到教堂门口,法比独自把神父抬回了房间。
由于被炸药炸伤,英格玛神父没办法再站立,他只能坐在轮椅上让法比推着他到处走。苏菲等人问法比如果下水道挖通,英格玛神父是否会跟他们一起离开,法比表示教堂不能没有神父,神父只能留在这里。苏菲接着问他是否会跟大家走,法比坚持他得留下来照顾神父。
怕日军发现关根死在教堂的事情,李全有与杨柔淇趁天黑把关根的尸体挖了出来,存放在教堂后院的棺材里。
隔天杨柔淇与李全有在以前二人藏着的棺材里拿东西准备离开教堂,由于动作慢,日军已经开始往埋尸坑里埋土,棺材也被埋了进去,杨柔淇拿出李全有随身的利刃本打算在被日军抓到前自杀,李全有劝她先别轻举妄动,棺材被彻底埋进埋尸坑里,杨柔淇与李全有就这样被活埋了。
黑岩久治同意费驰接走英格玛神父,以英格玛神父年迈身体差为由,他想看看美国人的教堂没有了美国人还要怎么继续。法比挖地道时突然晕倒,苏菲等人误以为他猝死,都哭着叫法比醒过来,玉墨凑近一看发现法比只是太累而睡着了。
日军们在教堂门前来回推着坐在轮椅上的神父玩,英格玛神父被推得晕头转向,他们却以此为乐。法比出来制止他们,他们一次次地踹开法比,不许他护着神父。
玉墨帮法比照看神父,她与神父聊起天来,神父告诉她法比被抛弃过两次,一次是亲身父母,一次是神父的朋友,他的朋友把法比托付给他,神父就独自把法比拉扯大。玉墨表示她被卖到藏玉楼前也曾来到过教堂,没过多久她就被继父卖掉了。
为了处理尸体,黑岩久治让手下往下水道里倒骨灰。南京沦陷的第四十天,大家依旧坚持不懈地挖着地道,法比挖着挖着挖出一条十字架项链,他想起来那正是阿顾的项链,接着他看到了阿顾的手,法比被吓得尖叫出声。
黑岩久治派人送信给费驰,让费驰去教堂接走英格玛神父。法比叮嘱神父到了安全区也要好好吃药,二人离别时神父告诉法比天堂见。
法比改变了想法,他希望妓女们能代替女学生们去参加日军的庆祝晚宴,除了玉墨外,妓女们的反应都很大,春池大喊道她们要活着,凭什么她们要替女学生去,法比自知理亏,他原地不动站在那里任春池与玉箫对他又打又踹。本以为来到教堂只要乖乖地躲着就能活下去,她们也为教堂付出过,现在却摊上这样的事,玉箫与春池甚至站上了钟楼顶打算跳楼自尽也不要去晚宴。
玉墨的反应很平静,即使被红绫等人斥责,她也摆出一副无所谓的表情。女学生们商量后表示只要法比让她们干啥她们就去做,就算去赴晚宴都无所谓。
红绫不肯老实地呆在地窖,她哭着告诉乔治她想活下去,春池等人都无依无靠无牵无挂,可是红绫不想与乔治分开,更不想死,早知道在教堂躲着也难逃一难,她就不该跟玉墨来教堂。
黑岩久治要求与孟司长继续合作,已经看清形势的孟司长知道再这样下去也是继续为日军效命,他不肯答应黑岩久治的要求。
黑岩久治对孟司长的态度很不满意,他掏出枪指着孟司长的头,要求他下跪。孟司长被迫下跪,但他不肯向黑岩久治低头。
黑岩久治要求孟司长把孟书娟手里的胶卷要出来,孟司长不肯并表示消灭胶卷又怎样,日军别奢望他们犯下的罪行不会被人知道,现在掩埋尸体不过是掩耳盗铃,黑岩久治生气地拿枪射向他。
奸计得逞黑岩久治便带着手下来到教堂,他把给女学生们准备的衣服拿给法比并让她们准时去赴晚宴,法比虽接过衣服,但他不打算让女学生们赴宴。黑岩久治临走前让手下把教堂院子里的坑挖大一些,好埋更多的尸体。