某市接连发生三起连环凶杀案,被害者全因颈部被插入削尖的PVC管而死亡,死相恐怖,自称Darker的神秘杀手留下了三张“死亡通知单”,但罪行上的数字“28”令人十分费解,市刑警大队队长韩灏授命侦破此案。外形邋遢的省警官学校教授罗飞,凭着一张饭卡混入凶案现场,从浴室里的玖瑰花瓣和燃烧的蜡烛上推断出了凶手的作案时间,高超而缜密的思维令人叹服,岂料韩灏识破他并非警员的身份,将他赶了出去。罗飞意外地发现了凶手作案后离开的通道,为打听凶手的形迹,他进入对面的酒店,在这里结识了私人理财顾问薛天,薛天自称没钱付账,已在此处坐了一个下午,他向罗飞借了三百元钱,并且告诉罗飞凶手离开的时间是在一点三十六分左右,之后便走向了公共汽车站台。罗飞想要调取公共汽车附近的监控录像,但因没有警员证被拒绝,正在这时,韩灏也找到了这里,他将罗飞抓去了警局。为了应对“死亡通知单”的案件,韩灏向丁局申请成立专案组,丁局立即批准,但为他找来的成员却是个个“人中龙凤”,令韩灏大跌眼镜:气场强大美貌与智慧并存的傲娇心理学女博士,被称为国贸分局女神的穆剑云;因为师傅喝醉,被迫前来顶替的“暗黑萝莉”法医梁音;枪里不敢装子弹,怕被歹徒抢走的“警界耻辱”尹剑;专门负责网络安全,时常侵入局长电脑的“网游超人”曾日华以及不说话先动手的暴烈刑警熊原……专案组阵容堪称一群怒放的奇葩。丁局向韩灏介绍最后一名未到的队员,说他是省警官学校有史以来最年轻的正教授,办案水平一流,韩灏怀疑这人正是被自己抓起来的那一个,现在还在审讯室接受询问呢。
穆剑云来审讯室找罗飞,心理学女博士与正教授首次交锋,两人各有输赢。终于,专案组成员们别别扭扭地聚首,从凶手使用的凶器PVC管入手,专案组成员发现,这三起凶杀案或许和六年前的民工子弟小学楼梯断裂有关,当时有26名学生遇难,而小学校长、监理和包工头被提起控诉关进了监狱,成为替罪羔羊,真正的凶手却还逍遥法外,Darker的目的正是要惩处那些幕后黑手,为无辜死难者伸冤。专案组成员来到监狱,三名在押犯的供述与他们所想基本一致,小学校长提起的海文基金,又为案件找到了新的突破方向。据查民工子弟学校正是由海文基金的创始人王海文夫妇捐赠,而他们夫妇却于前几年意外坠崖身亡,他们12岁的女儿也失踪了,至此死亡通知单上的数字“28”似乎有了合理的解释,尹剑怀疑神秘的D可能就是王海文夫妇的女儿。专案组正要从海文基金入手,进行下一步的工作,另一宗凶杀案却又在此时爆了出来,死者是保镖公司的老总方源,被人割喉淹死在马桶里,经过法医梁音的鉴定及一系列细节分析,专案组推断出方源原名方圆,以前是王海文夫妇的保镖,从方源被杀的现场分析,Darker不太可能是王海文的女儿。专案组抽丝剥茧,得出结论,王海文夫妇的死绝对不是意外,他们死后,最大的受益人又是谁呢?海文基金的副总裁李建华进入专案组视野,但这个人生活单调简朴,没有任何绯闻,令专案组一时无从下手。罗飞推测李建华极可能是Darker的下一个目标,当年正是李建华和区长夫人汤宝珠等相勾结,借承建民工子弟小学牟利,案件爆发后,李建华怕捐赠人王海文夫妇追查,便伙同保镖方源将他们害死。罗飞等找到李建华秘密别墅的车库,发现李建华已死,而被禁锢六年的王诗诗也重见天日。穆剑云怀疑Darker是当年民工子弟小学的一员,罗飞却不认同,他告诉穆剑云,这个案子已经了结,如果死亡通知单不再出现,那就证明穆剑云的分析是正确的,如果再见到死亡通知单,就证明Darker另有其人。
专案组想从王海文夫妇的女儿王诗诗处查到Darker的踪迹,但王诗诗却突然从医院失踪,而在瑞士银行原本属于她的存款也被秘密转走。从目前的几起案件及被害人的情况,罗飞推断出暗黑者行凶逻辑:专杀法律无法制裁之人。穆剑云等仍然怀疑Darker与六年前的民工子弟学生有关,并从此方向展开追查。正当在专案组成员为查不到Darker的身份而焦头烂额时,Darker却对专案组的每个成员展开了反侦查,一幕幕令人不堪回首的往事被重新掀开。
专案组追查当年民工子弟学校的学生杨钒,Darker设计故意让杨钒出现,专案组追查给杨钒打车的手机,尹剑却发现这个手机号码,来自于他的初恋女友沐沐,大家追问沐沐现在的去向,尹剑不得不坦白,是自己将沐沐送进了监狱,她涉嫌犯罪、抢劫及组织卖淫。在尹剑约会沐沐的公园长椅之下,罗飞发现了Darker故意留下的手机,而这个手机的失主季芳,却对暴烈刑警熊原仇恨非常,原来熊原在几年前曾亲自逮捕她的丈夫,并将其误伤得不孕不育,耿直的熊原一直对此事心怀愧疚。季芳交给专案组一张纸片,罗飞和穆剑云破解出了“代码如风”四个字,而“代码如风”名叫马峰,乃是曾日华昔日的同窗好友,曾日华和韩灏找到马峰,马峰把曾日华当年偷取他的源代码参加比赛的事抖了出来,曾日华面对好友的指控无言以对。马峰告诉二人,几天前他确实曾收到寄到他公司的信,收信人竟是他最仇视的曾日华,只要韩灏处分曾日华就将信拿出来。Darker的身份依然成谜,而他似乎对专案组每个人的过去都非常了解,他的下一个目标会是谁呢?马峰交出的信中出现了两组医院病例的代码,而这两份病例的所有者都是梁音,她的身上又有什么不为人知的秘密呢?
罗飞拿着马峰公司寄给曾日华的信来找梁音,梁音暴怒地否认自己曾经做过两次人流,罗飞劝她买两条小鱼放生,梁音生气地赶走了他,她觉得Darker太无聊了,竟然什么都查。罗飞追查给马峰寄信的人,他们再次找到了私人理财顾问薛天,薛天拿出自己的客户资料,让众人审查,穆剑云在其中发现了一个熟悉的名字——常彬。罗飞觉察到穆剑云的异样,套问她和常彬的关系,穆剑云犹豫着说出了自己和常彬的过往,原来在国外留学期间,她曾有留校任教的机会,而这个机会掌握在当时学校的心理学教授常彬手中,常彬以此要挟穆剑云和他上床,穆剑云本打算豁出去,但到酒店门口时又改变了主意。曾日华查到了常彬的住宿信息,韩灏立即赶去,在酒店房间里,他们发现了几乎已经没气的常彬,他的手指被吊起指着楼上,罗飞觉得这可能是Darker在传达一种信息,尹剑去查询楼上的房间,发现是季芳开的。罗飞打开楼上的房门,发现了季芳被抢的手机和一张字条,证明Darker的确在此处停留过。罗飞掀开床板,发现了12瓶装满人体器官的容器,每个容器上都贴着一张死亡通知单,法医梁音鉴定出这些都是来自不同部位的人皮,尹剑想起几年前协查通报上的12个逃犯,看来Darker不仅帮警察破了这件案子,而且还亲自执行了。至此为止,专案组里只有罗飞和韩灏的历史没被查过,韩灏怀疑罗飞的身份,他觉得罗飞和Darker的思维逻辑很像,质疑他来专案组的原因,穆剑云却对罗飞表现出了充分的信任,她偷偷查过罗飞的资料,罗飞的父亲是中国第一批下海经商的商人,十分成功,罗飞完全可以说是一个富二代,后来父亲出轨,罗飞的母亲含恨自杀,尽管父亲给了罗飞很多钱来弥补,但罗飞却没有用过一分,他无法原谅父亲的背叛。
尹剑到监狱里去看望沐沐,尽管他觉得自己没有做错什么,但仍希望得到她的原谅。罗飞找到季芳,送给了她一块新手机,并告诉她经过专家会诊,她丈夫的不孕不育与熊原的暴打并没有关系,是先天的,但熊原仍表达了自己的歉意。曾日华再次找到昔日好友马峰,马峰告诉他,自己现在有钱有势,曾日华曾经的心中女神现在都在倒追自己,他早已原谅他了。梁音哭着将自己的病例单悄悄烧了,算是跟自己那荒诞的青春彻底告别。