韩灏将十二年前的“四一八案”重新翻出来,2002年4月18日,警察局副局长薛大林被Darker杀死于家中,同日下午,位于城郊的一处仓库爆炸,事故造成罗飞女友孟芸和导师袁志邦死于当场,专案组众人深受震动,他们想不到,十二年前就有Darker的存在,而至今未破的四一八案却与罗飞有着千丝万缕的联系。案件回溯,专案组从罗飞口中得知了当年事件的来龙去脉:孟芸得知袁志邦收到了Darker的通知单,被绑于城郊仓库,她赶去救援,罗飞拨通了她的电话,孟芸询问他应该如何拆除袁志邦身上的炸弹,罗飞建议剪掉红色伪线,之后炸弹引爆,仓库被炸成一片废墟。韩灏询问罗飞为何要孟芸剪掉红线,罗飞称那仅是自己的直觉,最后证明是自己判断失误,关于这起案件,疑点颇多,罗飞不知道孟芸为何会知道袁志邦被绑的地点,他也不知道孟芸当时为何不报警,韩灏质疑罗飞早就知道Darker的存在,比他们早了整整十二年,却一直不对大家言明,两人产生了激烈的争吵,他以专案组组长的身份命令罗飞停职。
韩灏怀疑罗飞就是Darker,但穆剑云告诉他这绝不可能,罗飞可能与Darker有一定交集,也可能彼此认识,但他绝不是Darker,韩灏让穆剑云调查罗飞,穆剑云答应了,她也想知道事情的真相。曾日华对罗飞的事情十分意外,梁音找到罗飞,提出了心中的疑惑,孟芸当时为什么会相信罗飞的选择,罗飞告诉她,自己也不知道。穆剑云和梁音分析,被Darker下过通知单的人都是罪有应得,她们想知道袁志邦身上有什么罪行惹得Darker动手,罗飞说袁志邦当年风华正茂,但他确实有一个十分不好习惯就是爱招惹女性,她曾与一个白霏霏的女生谈过恋爱,但在出事前分手,分手的原因是网恋,而他网恋的那个女孩最后被证实根本不认识他,穆剑云推测一定是Darker假扮女网友,以引袁志邦上钩。罗飞一直不知道四一八案竟还有一名幸存的目击者——黄少平,他决定去调查这个人,因为被停职无法再用专案组的车,他请薛天开车送他们去,梁音看到黄少平的照片,觉得这个人被毁得就像个怪物,她不知道这十二年这人是怎么过来的。四人来到黄少平破烂的住处,薛天车内等候,罗飞等人前去敲门,黄少平听到声响前来开门,尽管已经做好了心里准备,黄少平惊悚的面目仍把他们吓了一跳。
黄少平对当年的爆炸案心有余悸,不愿再陷入那可怕的回忆中,但在众人的劝说下,他仍然向三人口述了当年的经过:当时有两男一女都进入那个仓库,而自己就躲在门口观看,毫无疑问第一个进入仓库的就是Darker,而其后进入的便是袁志邦和孟芸。奇怪的是孟芸起初非常害怕,但后来却突然一点也不怕了。梁音和穆剑云听完袁志邦的讲述,想要出去透透气,罗飞也准备离开,袁志邦却借故留下了他,他告诉罗飞,穆剑云在刚才的讲述中一直在盯着他,看他的反应,她是来调查罗飞的,罗飞陷入了沉思。穆剑云问走出屋子的罗飞,当时孟芸为何执意要相信罗飞的选择?除非他就是炸弹的安放者。她来通过一些细节观察到袁志邦,并不像对未来的生活完全绝望,在熬日子的样子,他和他们一样对未来的生活充满希望。
穆剑云询问罗飞为什么会来到专案组,罗飞拿出一封信给她看,穆剑云很惊诧,这竟是一封Darker写给罗飞的信,看来他是希望罗飞能参与整个游戏,信头的8102是当年罗飞在警校的编号,这更加肯定了Darker是认识罗飞的。尹剑发现了一截泡在福尔马林里的舌头,接着新的通知单便出现了,受刑人是彭广福,他向罗飞说了新通知单的事情,罗飞却告诉他,自己已经停职了,让他去找组长。曾日华假意让罗飞教自己普通话,偷着将他的声音录了下来,他调查出四一八案并不是Darker的首犯,在当年的警校里就曾经出现过通知单,但都是一些很小的惩罚,针对的也是一些小事。梁音在盛放舌头的瓶子里发现了一把钥匙,她交给了罗飞,因为那是机杨储物柜的钥匙,而姓名显示它属于罗飞,罗飞拿到钥匙立即往机场赶去。曾日华将十二年前在警校Darker留下的声音,与罗飞的声音进行对比,然后放给穆剑云听,穆剑云呆住了,那就是罗飞,十二年的罗飞就是首任Darker。
韩灏听说梁音竟然把钥匙交给了罗飞,他还来不及做出反应,尹剑告诉他,罗飞已经从机场回来了。罗飞从机场储物柜里拿回了一张大容量硬盘,曾日华发现里面只有13个视频文件,罗飞问曾日华自己的声音好听吗,如果他真的是想隐瞒什么,绝不会让自己的声音被曾日华录下来,穆剑云想向他解释一下,罗飞却让他们什么也不用说了。
视频被播放出来,十三段视频全是Darker在处决一个个罪犯,他们之中有的是强奸犯,有的是杀人犯罪,Darker让他们招认自己的罪行,然后一一用刀片利落地割断了他们的喉咙,最后一段视频中,一个抢劫犯彭广福向Darker供认,自己与另一个抢劫犯在双鹿山公园枪击了三名警察,选成一死一伤,而受伤的那名警察正是韩灏,专案组众人都睁大了眼睛,韩灏更是觉得难以相信。
Darker将彭广福的舌头割去,在他身上装上了定位炸弹,当炸弹开启,曾日华将会找到彭广福的位置,是救还是不救,一切等待着韩灏决定。韩灏决定满足Darker的要求,只带四个人前去营救彭广福,穆剑云再次和罗飞谈起十二年前的Darker,罗飞承认当年在警校的四件事,是自己和孟芸合作完成的,他们之间既是恋人,也是对手,是孟芸创造了Darker这个人物形象,她最初的创意是想用其来惩治那些犯了罪却逃脱了法律治裁的人。罗飞不肯向穆剑云透露更多的细节,但他对四一八案真的一无所知,当时他看到桌子上的通知单,还以为是孟芸跟他开的玩笑,所以他没有报警,穆剑云猜测孟芸当时也是一样,怀疑向袁志邦下手的是罗飞,所以在拆弹时才会如此地相信他。
罗飞至今对孟芸的死心怀愧疚,穆剑云让他振作起来,只有这样他才能和Darker一较高下。特警队员柳松来到专案组报到,韩灏将带他还有尹剑、熊原一起接受Darker的挑战,尹剑觉得这次去也许凶多吉少,他将自己存的钱及户口本、房产证全部交给汪蕊,汪蕊不知道出了什么事情,她追问尹剑要去执行什么任务,尹剑却不肯告诉她,他说自己如果回不来,就请汪蕊将这些东西全部转交给他的母亲,汪蕊答应暂时帮他保管。罗飞发现当时的爆炸存在一定的时间差,他记得当时的时间是四点十五分,而警方记录的时间却是四点十三分,穆剑云帮其分析出,罗飞在四点十五分听到的那次爆炸极有可能是孟芸伪造的,那么孟芸和袁志邦都有可能没死,孟芸和袁志邦都有可能是Darker,但这一切都建立在这个时间差确实存在的基础上。罗飞决定再去调查当年的目击者黄少平,他可以肯定黄少平对警方撒了谎,黄少平告诉他,自己确实撒了谎,当时他一进入仓库就发生了爆炸,其实他什么也不知道,罗飞和孟芸的对话全是他在病床上偷看警察的笔录而得知,他这样做的目的只为了保命。黄少平借故支开了罗飞,他拉住穆剑云的手告诉她,其实自己知道一些事情,但还没有到说的时候,他让穆剑云今晚一个人来找他,他只会告诉她一个人。
罗飞怀疑袁志邦和孟芸都没死,他想从死人身上找线索,梁音偷偷帮他找来了死去孟芸的牙模标本,罗飞回忆起当年与孟芸恋爱的点点滴滴,包括他们的第一次亲吻,他流着眼泪确定这个牙模标本属于自己的初恋女友——孟芸,孟芸确实已经死了。穆剑云觉得这至少证明,前面的调查方向是错误的,罗飞坚持那两分钟的时差绝不是自己的错觉,两个人谁也说服不了谁,再次闹得不欢而散。
穆剑云告诉曾日华,当年是孟芸和罗飞创造了Darker这个名号,但后来被人盗用了,她认为罗飞认定的时差根本不存在,孟芸不可能在死后还和罗飞通话互动,罗飞的这种坚持只能证实他心里还有大家不知道的秘密。穆剑云觉得也许黄少平掌握着解开案情的钥匙,她最终决定暗中夜访黄少平,黄少平暗示她四一八爆炸案和案发不久前的三一六贩毒案存在一定关联,穆剑云问他为何独独告诉自己,黄少平说第一欠见到穆剑云,他就觉得穆剑云会是这个故事的终结者。韩灏回忆双鹿山枪战细节,想到队友邹绪的牺牲过程,当时两人刚刚执行完一次任务,十分兴奋地在饭店里喝了一点小酒,从饭店出来时意外发现了抢劫犯彭广福及其同伙,两人一路追击他们到达双鹿山公园,就在这里邹绪在与彭广福拿枪相对时,被彭广福抢先开枪击毙,而韩灏则被击中了腿部。局里后来决定追认邹绪为烈士,韩灏被记二等功,但韩灏并不接受,他坚持要等将彭广福绳之以法之后再说。彭广福被绑的位置出现,韩灏带领专案组根据信号地址赶去废弃工地解救彭广福,他们发现彭广福被电子手铐铐住,柳松和尹剑进入工厂内部寻找连接的电线,却发现Darker多加了两条伪线,搞不清真假的韩灏等人,只能根据自己的判断胡乱试探,柳松发现了Darker留下的字条,众人得知炸弹将在十五分钟后爆炸,韩灏、尹剑和柳松决定同时去按下三个开关,只留熊原一人守着彭广福,开关按下,熊原的信号却突然中断,三人紧急撤离,发现彭广福被杀,而熊原不知去向,韩灏让大家赶紧撤离,柳松认定熊原还在大楼内,他想回去救他,却被韩灏阻止,韩灏等人的车子刚刚开走,炸弹爆炸了。