案情已经明朗,绑架昊昊的正是阿萍,自从二十年前小晖失踪后,阿萍的精神就开始奔溃。老廖告诉罗飞等人,当年阿萍家拆拆,阿萍为了等小晖回来,死活不同意搬家,最后还是由他出面劝解。当时他一心想破案,忽略了阿萍的精神。自从小晖失踪后,阿萍经常守在幼儿园门口,巴望着小晖能够回来。小晖手腕上有个胎记,阿萍每次看到年纪相仿的男孩就要查看他的手腕,她一次次陷入失望中。
文成宇对阿萍的案子非常关注,他个人觉得一切罪恶的开始皆因阿萍而起。
阿萍二十年前丢失了儿子,她的精神陷入混乱,竟然模仿当年的犯罪手法,绑架了昊昊。如果她只是将昊昊当成了小晖的替代品,那她不可能索要赎金。周浩觉得这一切都是白龙所为,不过据调查,白龙不到30岁,以他的年纪不可能策划当年的小晖绑架案,这其中还有隐情。罗飞等人反复听绑架者发来的录音,听到了一个传呼机的号码,他们查到该号码的机主叫阿杰。熊原找到阿杰家中,发现他已经和家人失联多日。
而监狱里杭文治陷入了回忆,当年他父亲得了癌症,急需一大笔治疗费用。杭文治在街头上被卖肾集团的人瞄上,阿华欣赏他的学识,将他引荐给邓总。邓总出钱给杭文治的父亲治病,并安顿了他的家人,对杭文治却并无所求,只希望他能将邓总当成家人对待。待到将来有需要时再找他。后来杭文治被安排去国外深造,而邓总被害身亡。阿华联系到他,让他设法入狱接近一个人。于是杭文治自导自演了自己的犯罪行为,成功进入监狱。
文成宇给罗飞发来一段视频,阿杰跪在阿萍面前恳求她的原谅。罗飞和老廖飞快赶到阿萍家,阿杰将小晖当年被绑架一事如实召来。当年阿杰只是一家饭馆的伙计,阿萍经常带着小晖来吃饭,于是就熟悉了。一次阿萍为了一碗汤训斥小晖,阿杰帮她哄小晖。后来阿萍出去回电话,而阿杰接到老家的来信,父母让他筹备八万元给家里盖新房,帮他娶亲。阿杰一时起了贪念,于是带走了小晖,向阿萍索要八万元的赎金。前两次因为胆怯一直不敢去拿赎金,直到第三次确定没有警察埋伏后才拿走赎金。阿杰拿到钱后就让小晖自己回幼儿园等阿萍,谁知半路上小晖被人绑架。阿杰怕自己暴露,不敢去追,带着钱回到老家结婚生子,但这些年他一直受着良心的谴责。
据阿杰的口供,当年绑走小晖的人脖子上有纹身,根据警方掌握的材料,那人是白龙集团的手下,不过几年前就在围剿白龙集团后被警察当场击毙。原以为白龙集团被消灭,但后来又出现了一名自称白龙的年轻男子重新组织白龙集团,多年来绑架了不少儿童。
文成宇告诉阿萍,小晖当年被白龙集团绑架,因为不听话,被白龙亲手杀死。文成宇给了阿萍一把枪,并告诉她白龙集团的交易地点,让她去杀死白龙替小晖报仇
警方收到讯息,白龙集团的手下在交易地点被杀,罗飞和周浩带着人赶紧赶过去。看到现场有不少尸体,只剩下白龙挟持着两名被拐的儿童在等着他们。白龙告诉罗飞等人,Darker已经来过,杀死其他人,独独留下他来等警察的到来。白龙的情绪失控,罗飞劝他放下孩子,他却告诉罗飞,他从小被父母因为一碗汤遗弃,白龙集团的人告诉他他是一个没人要的孩子。白龙的情绪很不稳定,一个孩子趁机脱身,奔向罗飞等人。白龙想开枪打死孩子,周浩替孩子挡了一枪,腿部受伤。这时老廖发现白龙手腕上的胎记,知道他就是当年失踪的小晖。老廖灵机一动,告诉他他的母亲并没有遗弃他,这些年为了找他精神已经错乱。老廖的话让白龙的情绪安定下来,就在罗飞等人要制服白龙时。阿萍在文成宇的蛊惑下突然在背后向白龙开枪,白龙被一枪爆头,当场身亡。罗飞震惊,不忍阿萍知道她亲手杀死了自己的儿子,偷偷遮住白龙的胎记。
孟芸斥责文成宇不该让阿萍亲手杀死小晖,文成宇却认为阿萍当年没有看守好小晖,她是罪恶的源泉,现在应该由她亲手结束罪恶。孟芸怪他不懂得一个做母亲的苦衷,阿萍当年照顾不利,导致小晖丢失,但这些年她精神备受折磨,早就得到了惩罚。
周浩伤未痊愈就急着出院,但他的腿伤还未康复,无法回到刑警队,只能去派出所做民意调解员。专案组的人从来不放过任何一个打击周浩的机会,一干人等跑到周浩办公室奚落他,劝他早日回刑警队复职。
薛天和杭文治装货,邵师傅假装告诉狱警车钥匙掉在车厢里,一时无法离开,狱警同意他的货车留在监狱外面,等到明天雨停后再卸货重装。
杭文治一手策划好了越狱计划,趁着夜深人静,外面天降大雨。杭文治和薛天等人将床单撕成长条,绑缚在身上,通过监狱里的通风管道,来到监狱楼顶。然后再将长条连接成绳索,通过楼顶的旗杆,滑下平地。再打开监控死角下的窨井盖,四人进入下水道。因为连日来一直降雨,下水道里的水已经漫至膝盖,他们每一步都走得很小心,生怕惊动了狱警。杭文治带着大家来到办公楼的机房,为了让薛天安心,他主动带头。平哥迫不及待地想出去,眼看胜利在望,薛天却担心外面有守卫把守。杭文治消除了薛天的疑惑,告诉他们出口就在前面,平哥让阿山去打开铁门的锁。薛天趁他们不备将二人打晕,杭文治非常震惊。薛天却说他二人罪恶滔天,放出去只会祸害人间,并将他们绑了起来。
杭文治催着薛天赶紧离开,薛天早有察觉,并不着急走。薛天知道张海峰今天特地换了值班表,就在外面等着他们自投罗网,杭文治一再保证自己并未将越狱计划透露给张海峰。薛天直接说出杭文治进监狱的目的就是找他报仇,杭文治见事情败露,索性承认了,薛天不费吹灰之力就制服了杭文治,将他三人吊了起来。薛天并没有急着离开,而是告诉杭文治,他早就对他起了疑心。当初他们在牢房里争执,薛天曾经问过杭文治,邓总的死因,杭文治不经意说出邓总死亡的详细过程,而这些资料警方并没有对外宣布。杭文治不可能从新闻上得知,唯一的可能就是他是邓总的人,所以才知道详情。后来薛天又发现杭文治和小顺接触频繁,原来孝顺在一次探访中得知了杭文治的真实身份,一直巴结着他。杭文治怕小顺透露自己的身份,于是就起了杀心,嫁祸给黑仔。杭文治的计划原本很完美,他在劳动时想方设法弄到一根只有四厘米的铅笔头,然后利用每次劳作进行置换,换到一根长的铅笔,这就是他的杀人凶器。薛天将杭文治的计划全盘说出,一切都在他的掌握中,最后告诉他他准备一个人越狱,并不走杭文治安排的路线,而是自己筹划的路线。他让邵师傅在货车的发动机上安装了铁箱,到时他躲在里面就可以逃过热向扫描,成功越狱。薛天将自己的计划告诉杭文治后,就开始惩治他们三人,他第一个杀死阿山,然后杀了平哥,在他眼里他们都是罪有应得,他是替天行动。杭文治亲眼看着薛天杀死平哥等人,吓得瑟瑟发抖,薛天告诉杭文治,他错在不该杀死小顺,然后用镜片割破他的动脉,留下三张通知单后迅速离开。杭文治并没有立即死亡,他拼着一口气割破绳索,找到躲在外面接应的张海峰,将薛天的越狱计划告诉他,然后因为失血过多而亡。
张海峰立马启动监狱的一级戒备系统,他最担心的是薛天出去后会伤害他儿子,立马驱车赶往儿子的学校,却不知道薛天竟然躲在他车里。薛天的计划天衣无缝,借着张海峰的座驾成功逃出监狱。
老廖将二十年前的一桩案子交给罗飞去翻案,涉案人员竟然是孟芸的父亲孟亦凡,当年一名高中女教师施然被同事孟亦凡杀害。孟亦凡被判了死罪,一年后他妻子也死了,孟芸和孟寒俩姐弟分别被收养。案子虽然已经了解,但老廖的直觉告诉他当年的凶手并不是孟亦凡,真正的凶手至今逍遥法外。
罗飞将案子带回专案组,调出当年孟亦凡和目击证人门卫沈卫国的口供,口供表面上没有任何疑点,但沈建国的口供太过刻意,这让罗飞等人起了疑心。
老廖了解孟亦凡的为人,他在工作上兢兢业业,一路做到校党委副书记的位置,这样的人不可能犯险有婚外情,他一直觉得这里面另有隐情。而凶案现场并没有指纹,只是在校长室的门口发现了死者施然的指纹,他推断校长才是命案的第一现场,而校长陆海是最大的嫌疑人。命案发生后,陆海被降职,调到山区的小学担任校长,并换了名字,现在叫陆建勋。陆建勋刚被调回本市做教委主任。
陆建勋在工作上无可挑剔,他在山区发洪水时救下二十多名学生,以后就平步青云,一路高升。罗飞告诉大家,孟亦凡的案子是他个人的因素想翻案,和专案组无关大家都非常有义气地跟随罗飞。可是陆飘飘却告诉大家,陆建勋是她的父亲,她根本不相信自己的父亲会杀人。陆飘飘情绪激动,无法冷静地分析案情。罗飞告诉她在校长室地门框上发现施然地指纹,这些足以说明施然曾经挣扎过。陆飘飘觉得这些都是罗飞地推测,并没有实质的证据。鉴于陆飘飘和陆建勋的关系,罗飞向丁局申请让陆飘飘暂停职务。
罗飞得知薛天在东南亚越狱的消息,猜测他会联系郑佳。
陆飘飘回家在陆建勋的书房里寻找证据,她看到当年的毕业照,陆建勋为了劝服几个想退学的学生留下继续学习而耽误了参加她的毕业典礼,她无法想象一个将教育事业看得比家庭还重,如此关爱学生的父亲会是杀人凶手。
陆飘飘将一张老照片拿给罗飞看,当年施然班里有个叫徐亮的学生自杀,两年后就发生了施然被杀的事,她觉得这两件事有着必然的联系。罗飞却觉得她过于感情用事,根本不适合查案。
罗飞让曾日华去查找当年的真相,当年徐亮质疑学校换了他的试卷,导致他高考落榜,于是挟持了五岁的孟芸,校长和施然极力安抚他的情绪,孟亦凡苦苦哀求徐亮放过孟芸。徐亮却失足从窗户摔下当时在场的三个人口供一致,说徐亮是自杀而亡。
薛天悄悄潜回本市,他给郑佳寄来一部手机。郑佳接到薛天的电话时,正好梁音也在场,薛天明确告诉郑佳,他不会和她见面,郑佳为了见到薛天骗他自己眼睛的纱布并没有拆除,却被守在楼下的薛天揭穿了谎言。薛天发现郑佳看到自己,匆忙离开。郑佳追下楼,却不见薛天的身影,情绪失控,梁音追过来安慰她。薛天躲在角落里看到郑佳伤心难受,强忍着冲出来的冲动。
罗飞正准备赶去见郑佳,却被文成宇的车挡了道,两人在马路上开始疯狂飙车,罗飞紧追着他的车不放,一直追到一个荒废的仓库,看到车停在路边,铁丝网上留下一张通知单,这时孟芸现身,孟芸告诉罗飞当年的目击证人门卫沈卫国,也就是化名沈建平的平哥已经死在监狱里。不过他临死前说出了当年的实情,施然是被陆建勋杀死的。孟芸推测当时徐亮挟持她时,外面电闪雷鸣,办公室里突然断电,黑暗中陆建勋动了手脚,将徐亮推下了窗户。而后来施然发现徐亮的试卷被陆建勋调换,陆建勋杀施然灭口,然后将罪名推到孟亦凡身上。案件越来越混乱,罗飞心乱如麻,他回忆孟芸当年说的话,又联想到徐亮衣服上的墨水印。
罗飞在网上开了一个直播间,要揭露当年的真相,劝孟芸放弃Darker的身份。罗飞进行故事重演,让孟芸再次重复当年事情发生的全过程。当年孟芸在孟亦凡办公室等他下班,正坐在施然办公桌前写钢笔字,徐亮突然冲进来一把抓住孟芸,挟持她到窗户边,指责陆建勋等人调换他的试卷,导致他落榜。而孟芸在极度恐惧中一把推开徐亮,导致他失足从窗户摔下,陆建勋冲过来想抓住徐亮,但还是晚了一步。罗飞是根据徐亮身上的墨水印推断出是孟芸将徐亮推下楼,因为当时只有她手上有墨水印。
孟芸没想到自己竟然是害死徐亮的凶手,一时无法接受这残酷的事实。真相呼之欲出,但事实实在太残酷。
老廖没想到这个案子牵扯到这么多人,虽然真相很残酷,但罗飞不会放弃继续侦察。
孟芸一直回味着罗飞说的那些细节,正好补充了她的记忆,她觉得罗飞是正确的。但得知真相时,她备受打击,这么多年坚持的信念竟然是个错误,自己一手造成的错误。
在陆飘飘的追问下,陆建勋说了实话,当年他并没有推徐亮下楼。但是他换了徐亮的考试成绩,后来施然无意间听到了他们的秘密,为了保住秘密,只能杀了施然灭口。徐亮的死是陆建勋间接造成的,而施然是他直接杀死的。陆建勋谈论这两条人命却很淡定,陆飘飘第一次觉得这样的父亲很陌生。她哀求陆建勋去自首,陆建勋宁可死在Darker手上也不愿自首。
孟芸回到小时候的家,在全家福的相框后面发现一把钥匙,她打开孟亦凡的书柜,从里面找到了线索。根据线索找到武定路3639号,一个破落不堪的房子,发现了一个保险柜,里面有一摞心理测试的试卷和一盒录音带。这时薛天也找到此地,姐弟俩相视一笑,当年发生的事呼之欲出。
陆建勋参加学校的表彰大会,上台演讲,罗飞等人严正以待,对讲台进行了细致的排查。熊原只做了炸弹排查,却忽略了话筒连接的线。罗飞发现这根电线不太正常,等他反应过来时,陆建勋碰到讲台的手突然被电了一下,幸好陆飘飘就在旁边,及时救下他。顿时讲堂里发生爆炸声,台下的观众忙着逃生,现场一片混乱,而在台下的郑佳却表现得很镇定。
陆飘飘和尹剑将陆建勋护送到后台,刚打开门,尹剑就被文成宇打晕。文成宇欲对陆建勋下手,陆飘飘拼死保护父亲,两人展开激烈的搏斗。陆飘飘的身手不错,但还是落了下风。文成宇打晕陆飘飘,正准备杀害陆建勋时,警察及时赶到,一枪击毙文成宇,带走了陆建勋。
而在讲堂上的罗飞一直跟着躲在暗处的薛天到地下车库,薛天拔出手枪对准罗飞,罗飞嗤之以鼻,嘲笑他用枪指着对方是懦弱的表现。薛天放下手枪,手心里却多了一只刀片,准备和罗飞徒手搏斗。罗飞打掉他手中的刀片,两人赤手空拳,展开了殊死决斗。打斗中薛天的手枪掉在地上,但他根本无暇顾及。而此时郑佳一直在角落里看着他们,这时车库突然停电,黑暗中罗飞和薛天停止打斗,薛天趁机后退,而黑暗对于做了多年盲人的郑佳来说是最佳机会,她的听觉特别灵敏,凭着敏感的听觉她拿起薛天的手枪对着他连开数枪。枪声响起,薛天倒地,警察随着枪声赶来制服了郑佳。薛天看到郑佳离去的身影,眼角流出泪水。
郑佳亲手向薛天开枪,欲置他于死地,虽然报了仇,但她心中的痛苦只有自己才知道,她并不后悔自己的行为。也许这就是她和薛天最好的结局。
孟芸将磁带和试卷寄给了罗飞,磁带里是孟亦凡的遗言。孟亦凡和陆建勋给学生们做了心理测试,发现徐亮的心理有问题,于是他们就偷换了徐亮的试卷,原本想给徐亮介绍一份好工作来补偿,谁知后来发生的事根本不在他们的控制范围内。施然知道了他们的秘密,他们只能对她痛下杀手。孟亦凡牺牲了自己,成全了陆建勋,最后自杀身亡,当年的案子就这样了结了。
真相大白,罗飞希望孟芸回头,不要一错再错,否则他会不惜一切代价,找到她犯罪的证据,抓她归案。Darker一案已破,专案组解散,成员们回到各自的岗位开始新的工作。陆建勋服刑,陆飘飘去探监,因为这个案子,她没能通过实习期,陆建勋相信丁局和罗飞不会放弃陆飘飘这样的人才,一定会帮她留在警队。
故事的最后,躺在重症监护室奄奄一息的薛天突然清醒过来。