九头蛇使用新研发的武器袭击正在举办婚礼的海军,杀死了其中把人。得知此情况的库尔森正在等西蒙斯能够给神盾局送来信息。
雷纳找到斯凯的爹,希望能够拿回方尖碑,但是斯凯的爹并不同意,询问是谁要拿走方尖碑,雷纳答应是怀特霍尔,斯凯的爹不同意送走方尖碑,因为这是最后找回斯凯的唯一希望。
巴克希召集西蒙斯开会,而怀特惠尔正是会议主持人。怀特惠尔将自己最新的计划公开,询问西蒙斯的意见,西蒙斯的回答让怀特惠尔印象深刻。
斯凯看着古画背后的符号,亨特建议她去找沃德揭秘。沃德告知斯凯雷纳认识斯凯的爹。沃德告诉画背后的符号是加勒特刻上去的。
雷纳在九头蛇大楼里看见西蒙斯,西蒙斯正将信息传送给神盾局,在一旁的雷纳看在眼里。
库尔森怀疑西蒙斯是外星人,这时候雷纳打来电话约见库尔森。巴克希来到实验室,直言实验室里有间谍,西蒙斯被怀疑,但是最后在特金的抽屉里找到了和神盾局联系的证据,特金被带走。
雷纳和库尔森见面,库尔森希望雷纳能够将方尖碑给他。雷纳将西蒙斯是九头蛇间谍的照片给库尔森看。
由于特金和西蒙斯是实验伙伴,巴克希怀疑是西蒙斯栽赃给特金。作为删掉照片的交换条件,雷纳想要带走斯凯去见她的亲生父亲,库尔森并没有答应。看到此景,斯凯想要冲出去阻止库尔森,但是梅将她拦住。
雷纳将西蒙斯的照片发给了九头蛇的所有雇员,西蒙斯被人追杀,没想到被卧底在九头蛇的芭比所救。
雷纳眼看自己计划失败,想要投靠神盾局,但是库尔森并不答应。库尔森希望雷纳能够将斯凯的爹的地址告诉他,然后利用雷纳设法接近怀特霍尔。
斯凯在地下室的地板上看到了她父亲的照片,库尔森赶来。在外面监视这一切的斯凯父亲眼见自己的亲生女儿憎恨自己,怒火中烧。西蒙斯回到神盾局,看见菲兹,俩人终于团聚。而芭比探员正是亨特的前妻,看到自己的父亲是坏人,斯凯决定要捉拿自己父亲。
库尔森将自己画的符号显示给斯凯看,斯凯回应自己知道这符号背后的意义,其实是一幅地图。斯凯的父亲来到九头蛇见怀特霍尔,把方尖碑交给怀特霍尔,希望能够联手毁掉神盾局。
托尔伯特将军正在电视上讲述神盾局给世界安全带来的威胁,突然间九头蛇冲进会议室,伤害了现场的的议员,而且还冒充事神盾局。
此时电视上正在报道神盾局攻击政治议员的事,库尔森看到报道立马意识到就是九头蛇的阴谋,先派梅一行人去东京找制造生化武器的增田,而西蒙斯则负责去九头蛇总部找有关生化武器的硬盘资料。西蒙斯和斯凯正在讨论沃德,梅冲进来说是九头蛇的阴谋。库尔森派亨特和前妻芭芘一起行动,但是亨特并不愿意。
沃德的哥哥原来就是托尔伯特的上级,看到托尔伯特如此行事不利,竟然被神盾局偷袭,十分生气,要自己亲自出马消灭神盾局。
亨特和芭芘两人聊天,不欢而散。菲兹正在自言自语,西蒙斯进来。西蒙斯从九头蛇总部偷来了关于生化武器的硬盘。 西蒙斯告知硬盘在运输过程中损坏了,菲兹提供帮忙。斯凯找到沃德,希望沃德能够提供关于他哥哥的信息。沃德知道自己的哥哥心狠手辣,并不合作。梅一行人到达东京,芭芘找到增田,希望能够看一眼生化炸弹。
九头蛇的人发来信息告知增田芭芘就是神盾局的探员,亨特十分担心芭芘的安全,冲了进去击毙了增田。菲兹觉得西蒙斯在自己需要的时候离开了神盾局,不愿意再接受现在的西蒙斯。
库尔森找到沃德哥哥克里斯蒂安的办公室,通知沃德现在被关押在神盾局的地下室。斯凯找到沃德,沃德告知克里斯蒂安事心口不一的人。沃德告知是九头蛇的人杀害了斯凯的母亲,而库尔森已经和克里斯蒂安达成协议,将沃德转交给克里斯蒂安关押,而克里斯蒂安会撤回对神盾局的控诉。
菲兹和麦克正在翻看之前的资料,西蒙斯发现了和怀特霍尔有交集的贝克尔斯。
在比利时,贝克尔斯抓住了神盾局的一名探员,此时亨特一行人进来和九头蛇大打出手,成功干掉对方。 西蒙斯找到麦克,麦克觉得都是因为西蒙斯的来开才让菲兹变成今天的样子。亨特准备离开神盾局,芭芘和他一番交谈。沃德被转交给克里斯蒂安,而克里斯蒂安也在电视上公布了自己的弟弟就是九头蛇的一员。
一名在纽约的神盾局探员将陌生人带回家,没想到陌生人身上竟然有方尖碑一样的纹身,最后这名陌生人杀掉了这名探员。
库尔森正在墙上刻画,这时候斯凯进来,两人希望能够找到这画背后的意义。库尔森得知沃德已经逃脱,梅一行人正在费城跟踪沃德。沃德知道自己被跟踪,立马逃跑。库尔森知道纽约的探员被杀害的事情后,发现这名探员的尸体上竟然被刻上了方尖碑上的图案。
库尔森决定尸检这名探员,看能不能找到凶手的线索。沃德已经乘坐大巴来到了亚特兰大,接着搭乘大巴去了达拉斯。在大巴上,沃德搭讪了旁座的一名女生,原来这个人就是库尔森派来跟踪的芭芘,沃德立马掉头去了开往波士顿的大巴。
西蒙斯尸检结果判定是凶手为了完成某种仪式,才会在死者身上刻画。西蒙斯还发现死者血液里有GH-325,为了能够找出凶手,库尔森决定亲自进入记忆仪器找出记忆。
库尔森回忆中正在和死去了斯蒂文森探员谈话,而且里面一共有6位病人。在记忆中,和库尔森谈话的人都画出了方尖碑上的图案。
沃德成功逃往波士顿,九头蛇联系沃德,希望双方能够合作。库尔森回忆起了所有的画面,最后还有一个病人活着,库尔森决定亲自去找到此人。库尔色找到最后一名病人汉克,准备将此人带回神盾局并希望能够找回汉克的记忆。但是汉克并不记得前世的记忆,这时候凶手出现,将库尔森和汉克两人都绑了起来,凶手拷问库尔森方尖碑上图文的意义,但是库尔森也并不知道,正在凶手准备杀了库尔森的时候,汉克挣脱,斯凯和麦克赶到现场,救下了库尔森。
库尔森和凶手代里克在汉克家里找到了方尖碑上图案的最后一片,原来方尖碑上的图案是一座城市的地图。库尔森意识到九头蛇也在试图解开这个谜底,神盾局一定要赶在任何人之前找到这座城市。
沃德打电话给斯凯,告知自己即将和库尔森见面。而在这之前,沃德会先解决和自己哥哥之间的恩怨。
1945年,奥地利,莱茵哈特博士使用方尖碑做实验,希望能够解密出方尖碑的秘密。莱因哈特发现了一个能够在方尖碑下存活的中国女人。
怀特霍尔找到斯凯父亲,期望能够解密方尖碑。库尔森派芭芘拷问巴克希,但是巴克希并不愿意透露。巴克希无意中透露怀特霍尔和70年前的怀特霍尔有关系。库尔森带人来到夏威夷。西蒙斯找到了关于莱因哈特的资料,发现怀特会儿和莱因哈特有联系。
1945年,莱因哈特被美国抓获,乞求第二次机会。莱因哈特解释方尖碑的存在就是为了征服人类。
斯凯父亲提议可以将怀特霍尔带到方尖碑中城市的寺庙。沃德绑架了他哥哥克里斯蒂安,沃德责怪克里斯蒂安当年的水井事件,两人为此时争执。
菲兹竭尽全力要完成库尔森交代的任务,西蒙斯发现1945年的莱因哈特就是现在的怀特霍尔,梅发现当年莱因哈特当年就被关押在神盾局的“老鼠”监狱。九头蛇将莱因哈特救出监狱,九头蛇也找到了当年逃过方尖碑的中国女人,而此人经过多年后仍然青春永驻。
芭芘拷问巴克希,告知巴克希神盾局已经知道了怀特霍尔的过往,巴克希自杀。
在沃德的逼迫下,克里斯蒂安挖开当年的水井,沃德逼迫克里斯蒂安承认当年的水井事件,克里斯蒂安承认当年是为了自己的私信逼迫沃德将托马斯推下水井。
库尔森一行人转战澳大利亚,希望能够攻破军队基地的网络。库尔森遭到九头蛇的埋伏,特里普中弹,此时斯凯父亲出现,声称自己是医生。库尔森相信,斯凯父亲揭露了自己的身份,将特里普的生命作为交换来见斯凯。
莱因哈特和那个中国女人交换了所有的器官,使自己自己重获新生。沃德找到怀特霍尔,原来沃德已经杀死了自己的哥哥和父母。亨特和芭芘两人旧情复燃。
斯凯找到了方尖碑城市。怀特霍尔向斯凯父亲介绍了沃德,原来那个中国女人就是斯凯的母亲。