秦国瘟疫流行,秦王斥责吕不韦和阳泉君,为何今日才上奏此事,两人只好辩解,本以为是普通的流民,谁也没想到竟然是瘟疫所致。秦王略一沉思,咸阳是大秦的国都,如今国都动乱,非同小可!阳泉君有意逃避,便将处理瘟疫的事务推给吕不韦,还给吕不韦戴上了高帽子,加上嬴异人,也就是嬴政的父亲,也在一旁认可吕不韦的能力,秦王便将此事全权交给吕不韦。这下子,吕不韦进也不是,退也不是,只能硬着头皮接下这个烫手山芋。
如今,咸阳城内民不聊生,只能希望神医出现,医治瘟疫之症,吕不韦听说邹衍带着徒儿来到咸阳,不禁大喜过望,准备向邹衍老先生求助。另一边,星云以琴清的身份在秦国行医救人,她本来就是一个善良的女子,看不得百姓受苦,不顾自己有被传染的危险,衣不解带地照料病人,百姓们纷纷跪下,感谢救命之恩。这天,星云正在开药方,忽然被吕不韦派人请到府中。
星云见到吕不韦府中点燃着龙涎香,不禁非常惊讶,因为龙涎香是赵国特产,十分珍贵,每年产出寥寥无几,没想到在吕府竟然得见。这时,吕不韦缓缓走出,他赞叹道,没想到大名鼎鼎的琴清神医,竟然是个年纪轻轻的小女子。星云直视着吕不韦的双眼,开口直呼他的名讳,吕不韦愣住了,他仔细打量着星云,询问她和元宗之间的关系。星云的眼睛渐渐红了,感到胸口剧痛袭来,吕不韦也非常激动。原来,吕不韦竟然是星云的亲生父亲!当年,吕不韦被迫将星云母子托付给元宗,后来相隔天涯,再也不曾相见,没想到如今却在咸阳城内见到,吕不韦分外欣喜,但星云不愿认这个父亲,在她心里,父亲抛弃妻女,不可原谅。
另一边,在乌家堡中,连晋正在磨炼兵器,指导士兵。乌堡主非常满意,他很喜欢连晋,也认可这个小伙子成为自己的女婿,奈何乌廷芳心有所属,乌堡主虽然身为父亲,也无法勉强。而此时,项少龙正在吕府中闲逛,没想到遇见了星云,他得知眼前的女子名为“琴清”,非常吃惊。赵盘晃晃悠悠也来到了咸阳,他没有要赵穆的盘缠,所以穷困潦倒。赵盘无意中得知,邹衍先生的弟子就在城内治病救人,便猜测这神医就是琴清。
在秦国王宫之中,秦王病怏怏地跌坐在地上,经过医生诊治,秦王确定患上了瘟疫,王宫顿时陷入了慌乱之中。为了平息瘟疫,秦国士兵开始在街上抓捕患病的百姓,将他们全部关押到若水村,隔离起来,赵盘虽然没有患病,但他衣衫褴褛,也被当做乞丐抓进了若水村。秦王还命令吕不韦在十天内治好瘟疫,否则贬为庶民。阳泉君得意洋洋地来宣读旨意,吕不韦气得牙根痒痒。
当星云得知百姓们被关押在若水村后,她义愤填膺,说什么也要前往村庄。吕不韦百般不愿,他可不想让爱女置身险境,但却拗不过倔强的星云。当星云在吕府内晾晒药材时,和项少龙偶遇,但是星云摆出一副冷冰冰的样子,拒人于千里之外。晒完药材,星云便启程前往若水村,项少龙护送她前行,结果意外遇到荆俊,几人还在若水村找到赵盘。。另一边,李原送给赵雅一些龙涎香,赵雅非常高兴,而赵穆却还在打着连晋的主意,希望连晋能够被自己所用。
赵穆来到乌家堡,赵雅还特意为乌廷芳带了胭脂水粉,乌堡主热烈欢迎,和赵穆交谈聊天。原来,赵穆此行是为了定制军马兵器。趁着乌堡主准备宴席的功夫,赵穆趁机和连晋套近乎,他话里话外挑拨连晋与少龙的关系,还佯装大方地交给连晋剑谱,企图将连晋收为己用。乌廷芳在房间里试着化妆,但是她平日里就是男孩性格,对梳妆打扮一窍不通,还是赵雅手把手教导。赵雅开导乌廷芳,要珍惜眼前人。赵穆在临走时还告诉乌堡主,自己已经向赵王申请,撤销了对项少龙的通缉。乌堡主感到赵穆另有深意。
荆俊染上了瘟疫,星云一丝不苟地照顾他,赵盘非常担心荆俊的病情,星云只好耐心地劝解安慰。这时,赵盘忽然想起尘音给的药,他只好死马当作活马医,将药丸喂给荆俊吃下,令人意想不到的是,荆俊吃下后病情平稳许多。星云和项少龙大受启发,经过研究,他们发现青蒿是治病的良药。然而,将青蒿加入药中,是含有毒素的,现在需要找一个人来以身试药。儿童小福子的娘也患上了瘟疫,为了救回娘亲的性命,小福主动要求当实验对象。
经过试验和诊治,瘟疫病情迎刃而解,大家都非常感激星云,称赞她是一位神医。赵盘得知断肠草能够治疗星云的心悸之症,便火速赶回赵国,希望能拿到断肠草。项少龙和星云返回咸阳城,吕不韦非常开心,命令管中邪准备酒宴,为两人接风洗尘。可是星云不为所动,外面还有很多病人等着医治,她可没空吃酒席。吕不韦只能告诉她,秦王大君也染了瘟疫,需要救治。
于是,吕不韦请求面见大王,结果就在大王的床榻之前,又和阳泉君争吵起来,秦王听得头疼,挣扎着坐起身来,狠狠训斥二人。吕不韦这才洋洋得意地宣布,自己的女儿已经研制出了治疗瘟疫的药方,保证药到病除。有一个名为李斯的青年请求见吕不韦,他要针对吕氏春秋提出几点建议,却被吕不韦拒绝了,李斯非常懊恼。吕不韦没空搭理此人,急匆匆赶回家,请星云去为秦国大君治病,不料星云和少龙却不告而别,吕不韦非常恼怒,命人赶紧搜捕。
星云和项少龙走在集市上,星云坦言,父女亲情在吕不韦眼中,不过是被利用的棋子,所以,星云不愿受人摆布。意外的是,在光天化日之下,星云和项少龙竟然被阳泉君掳走了,阳泉君逼迫他们为自己卖命,除掉吕不韦。此时,秦国的王君病的不轻,他命令吕不韦在三天之内交出女儿琴清,否则以欺君之罪处罚。
吕不韦来找嬴异人,可是异人并不在府中,无奈之下,吕不韦只能悻悻离去。此时此刻,嬴异人正在与阳泉君把酒言欢,原来,他早就投靠了阳泉君,在异人眼中,吕不韦不过是一个下贱的商人,不足一提。嬴异人趁机提议,琴清等人后患无穷,不如斩草除根。阳泉君认真地听着,脸上浮现出阴险狡诈的笑容。于是,阳泉君命令手下壁将军处理此事,壁将军灵机一动,吩咐王翦去活埋项少龙和琴清。
项少龙和琴清被关在一起,王翦带人气势汹汹赶到,将二人押到城外,开始挖坑,项少龙大吃一惊,无奈手脚都被捆住,动弹不得。琴清努力劝说王翦,称项少龙是新圣人,无论如何也杀不得,可是王翦根本不听,最后,连邹衍都赶到说情,却仍然无用,王翦甚至把邹衍也一并扔进了大坑里。就在事情一筹莫展之际,一阵龙卷风突然袭来,将琴清和项少龙卷走。
另一边,赵盘已经赶回了赵国,他拥抱着母亲,感叹自己现在非常希望拥有权力。赵雅见儿子有这么大长进,非常开心,当即许诺让赵穆为儿子谋个一官半职。于是,赵盘穿得焕然一新,去拜见赵穆,他陈述了自己被当做奴隶,九死一生的遭遇,感慨普天之下,只有义父和母亲是真心对待自己。赵穆见儿子有了觉悟,便命他从城守做起,派楼无心助赵盘一臂之力。
琴清和项少龙被龙卷风刮到了河中,王翦也被风裹了进来,结果正好被李斯救起,带回了吕不韦府中,吕不韦便收下李斯作为门客,王翦也转而投靠吕不韦。琴清打算公开治疗瘟疫的药方,造福天下百姓,然而李斯却向吕不韦出主意,应该把药方牢牢握在手里,只有这样,才能威慑天下。吕不韦哈哈大笑,非常赏识李斯。然后,李斯又帮助吕不韦,共同对付嬴异人,这个嬴异人本来就是个软骨头,三言两语就抵挡不住吕不韦的恐吓,吓得瑟瑟发抖。
琴清决定医治秦国大君,她来到王宫中,为大君治病,没想到大君却一命呜呼。阳泉君正好借此机会大做文章,称吕不韦让女儿害死了国君。可是,吕不韦不慌不忙,他倒是把责任一股脑儿推给了阳泉君,称他在中途掉了包。阳泉君没有想到,这个罪名会落在自己身上,吕不韦非常阴险,他威胁嬴异人站在自己这边,一起指控阳泉君,让士兵把阳泉君抓了起来。然后,吕不韦又把矛头对准项少龙,称他身为赵国人,可能与大王之死也有关。眼看着项少龙也被押走,琴清焦急万分。
琴清见到项少龙被抓,她气愤地回去收拾行李,准备离开吕府。谁知,吕不韦却因此威胁琴清,她若是敢离开,自己就马上杀了项少龙。听了这番话,琴清不敢擅自离开,她干脆前往大牢,和项少龙同生共死。另一边,阳泉君被壁将军救走了,两人密谋商议,如何才能除掉吕不韦,阳泉君咬牙切齿地发誓,不杀死吕不韦,自己誓不为人!当阳泉君想起烂泥扶不上墙的嬴异人时,不禁更是动怒,自己想方设法帮助他,可他却在关键时刻倒打一耙,实在可恶!
吕不韦来到大牢之中,他告诉项少龙,秦王的药包就是被自己掉包的,因为只有杀死秦王,自己才能更好地控制嬴异人。项少龙早就从历史上知晓了这一切,所以并不惊奇,反而将大君的谥号及赢政将会登基等事告诉吕不韦,吕不韦这才惊讶地发现,少龙竟然会未卜先知。于是,吕不韦索性将项少龙带回府中,让他讲一讲知道的历史,项少龙便承诺,自己会帮助质子嬴政登基,吕不韦喜笑颜开,但还是命人严加看管项少龙。
赵盘面见赵王,他正式成为邯郸城的城守,巨鹿侯赵穆非常满意,希望儿子能出人头地。赵盘感谢赵穆的推荐之恩,赵穆煞费苦心地叮嘱,一切还需要赵盘自己多加努力,毕竟刚刚为官,还要多加学习。
在大牢之中,项少龙握着琴清的双手,深情款款地向她示爱,项少龙终于说出了自己的心声,琴清也非常感动,扑进了项少龙的怀抱。然后,琴清将自己的病症一一道出,项少龙既心疼又惋惜,他决定也回到赵国寻找断肠。当下情况万般紧急,项少龙赶紧让狱卒通知吕不韦,任凭吕不韦再铁石心肠,也无法看着亲生女儿赴死,他只好答应放了项少龙,让其回赵国寻药。并且救回质子嬴政,再转交给乌堡主一样东西,那就是满满一袋子黄金。
乌家堡内,连晋的剑法日益精进,他最近和乌廷芳也相处得很好。项少龙快马加鞭,带着琴清赶回乌家堡,大家也都接受了星云的新身份。不料,当乌堡主看了吕不韦送来的金子后,却口吐鲜血,众人大吃一惊,不知吕不韦会给乌家堡带来什么祸患。原来,乌堡主在早年人生不顺,幸亏遇见了吕不韦扶持,才家业壮大,要风得风,要雨得雨,而吕不韦从未要过任何回报。如今,吕不韦送来金子,他的意思显而易见,就是要求乌堡主回报恩情,当秦国内奸。
赵盘现在当了城守,他性情大变,为了防止瘟疫扩散,赵盘将邯郸城中的流民赶出城,滕翼怪赵盘狠心,但赵盘却固执己见。项少龙怀疑连晋被赵穆收买,可连晋反而责怪项少龙,都是他的回归,让整个乌家堡陷入危险,项少龙百口莫辩。