龙幽心里无法抉择是否攻打人间,他的心里有着云凡和小蛮这些很重要的人,可也背负着族人的兴亡,龙幽去找云凡,告诉了云凡关于枯木封住水源的事,觉得自己就是枯木的棋子,可却无能为力。云凡此时已经有了意识,可却无法动弹无法说话,他在心里让龙幽不要走,龙幽却没有听到,还是离开了。小蛮和凌音将那个有龙幽哥哥的遗言的海螺交给龙幽,龙幽听到了龙溟在海螺中讲述的自己在人间的经历以及最后下达的命令。
龙溟要幽冥界的所有族人只能通过水灵珠恢复水源,奋发自强,不得以任何的名义攻打人间。龙幽听到龙溟的话非常惊讶,凌音也在此时告诉了他,她问了太武掌门,掌门告诉她,自己根本没有杀凌波,凌音怀疑这一切都是有人从中作梗,还伪造了龙溟的遗愿,为的就是促使龙幽攻打人间。
龙幽知道了龙溟曾经在人间的经历,也看到了哥哥死去的真相。龙溟一直致力于寻找水灵珠,暗中一直和枯木有所联系,可是因为龙溟不答应做枯木的傀儡去侵占人间,在神降密境中被枯木亲手杀死。龙幽心中愤恨自己和哥哥都沦为枯木的棋子,但此时不能打草惊蛇。殷其雷去给云凡打水洗澡,回来的时候却不见了云凡。
原来云凡被枯木带了出去,枯木告诉云凡,他生怕龙幽已经知道了一切都是他的计划,害怕他所做的一切都前功尽弃。云凡已经有了意识,并且暗暗在冲破枯木的控制,可是在枯木面前却保持着痴傻如木偶的样子。
枯木把云凡当作了一根救命稻草,希望云凡能用伏羲剑打开幽冥之井,完成他的野心。枯木说出有一股神秘的力量来临,会让人间的人类都灭绝。雨柔为了保卫蜀山和帮助云凡,勤加练习剑法,却因为身体状态不佳倒下。唐海来看望雨柔,表示以后雨柔无论做什么他都会支持。雨柔要求了草谷将她的魂魄钉好,不要让她魂不附体,草谷照做了,但心里和唐海一样为雨柔心疼。
雨柔、采薇和蜀山的几个蜀山弟子一起吃饭,他们都垂头丧气觉得自己根本没有力量和姜世离抗衡。雨柔出言鼓励大家,并说出了每个人的长处,希望大家发挥所长,展示蜀山不屈不挠誓死保护人间的决心。大家被雨柔说的群情激昂,全都振作了起来,誓与蜀山共存亡。
唐海告诉玉书和一贫,自己曾经暗中调查枯木,但被枯木发现,所以一家三口才被关了起来。枯木的野心昭然若揭,唐海希望一贫和玉书阻止枯木的恶行,可一贫表示他们七圣现在武功尽失,云凡又被枯木操控,蜀山大劫在即,他们想阻止也无能为力。
蜀山所有的弟子拼尽全力布置五行奇门阵法,来抵抗幽冥人的入侵,这让七圣觉得宽慰和骄傲。枯木去查看云凡,被殷其雷发现,大骂枯木利用云凡,龙幽赶来质问枯木,他却表示自己只是想看看云凡的状况。
云凡已经醒来,并且可以行动自如。趁着枯木不注意,他潜入了枯木的房间中,看到了关于人间末日的图画。枯木回房,云凡躲藏了起来,龙幽过来支走了枯木,掩护了云凡。枯木心中虽然有怀疑,但是没有抓到证据,只好继续暗中监视云凡。殷其雷假扮成云凡的样子,迷惑了枯木,真正的云凡则是去和龙幽在树林中秘密会面。
云凡告诉了龙幽,枯木想要借他和姜世离之手控制天下、毁灭人间,并且有一股神秘的不可知的力量让他志在必得。云凡和龙幽决定不打草惊蛇,暗中调查枯木,云凡继续装作被枯木控制的样子。龙幽和云凡结束会面时,云凡在路边看到了姜世离,连忙装作了痴傻的样子,让姜世离以为是殷其雷带他到郊外的。姜世离将云凡带回去,亲自帮云凡洗澡,并且对着云凡说出了自己的心里话。
姜世离生在人间长在人间,师父和自己最爱的人都是人,他对人间也有着深厚的情感,并不舍得伤害人类。姜世离心中也希望和云凡在猿啼峰一起生活,过平淡的生活,可他却无法放下族人的期望,想要让自己的族人和人类共享太平,他说的一切让云凡心中暗暗觉得感动和难过。枯木找姜世离商量尽早攻打人间,并且想让云凡用伏羲剑打开幽冥之井,遭到了姜世离的反对。姜世离不想让云凡卷入这场纷争,更不想云凡在心智受人控制的情况下做出让自己后悔的事情。枯木劝告姜世离,说云凡很可能已经清醒或者快要清醒,如果一旦清醒会给他们带来很大的阻力,希望姜世离考虑清楚。
姜世离去找云凡,告诉云凡他决定尽早打开幽冥之井,让幽冥人和人类共享太平,云凡撕破了姜世离的衣服来提醒他不要中了枯木的诡计。姜世离的衣服里掉出了一袋东西,那是曾经欧阳倩想种在幽冥界的百香花种子。云凡不能让姜世离知道他醒过来了,可却也想提醒姜世离,一切都是枯木的诡计,可姜世离却浑然不觉。
云凡把枯木的诡计告诉了殷其雷,殷其雷一气之下去谩骂枯木给云凡出气,却不想枯木对人类对女娲的怨恨很深,差点杀了殷其雷,幸好龙幽及时赶到救了他。大黄也忽然出现,在枯木的身上撒了泡尿。雨柔生怕云凡在净天教出事,独自一个人去找云凡,被血手毒影发现抓住。枯木却赶来放了雨柔,还带雨柔去见了云凡。枯木想要以此试探云凡是否已经醒过来。
雨柔去看云凡,云凡装作痴傻的样子对雨柔不理不睬,雨柔心痛,决定一定要救出云凡。枯木在门外监视,没有看到云凡有所行动,在雨柔离开净天教后挟持雨柔,为的是威胁云凡来救雨柔。云凡赶到,刚要出手,却被姜世离拦下,他不能让自己的儿子有任何的危险。凌音和小蛮赶去救雨柔,最终小蛮以女娲赐予的天蛇杖打退了枯木。姜世离放云凡离开,云凡临走之时告诉他,等他打开幽冥之井之日,就是他们父子情断之时。雨柔被枯木打的昏死过去,凌音和小蛮带她回了蜀山。草谷、小蛮和凌音都以为雨柔快不行了,可她却忽然奇异般的复活了。原来,雨柔身上带着的女娲血玉恢复了灵力。
姜世离没有强迫姜云凡替他打开幽冥之井,但他却是势在必行,哪怕会被伏羲剑反噬,他也在所不惜。姜世离的决心不容小觑,枯木的野心也已经膨胀到不可一世。龙幽和云凡通过大黄发现枯木似乎打算借用传说中毁天灭地的神兵灭世的力量来铲除人类。
此时,姜世离已经挥舞着伏羲剑,劈开了幽冥之井。顷刻之间,天地风云突变,一批又一批的幽冥人通过幽冥之井进入了人间。小蛮带着蜀山弟子抵挡幽冥人,可双拳难敌四手,小蛮的法力不足以压制幽冥人的怨气。龙幽不顾自己夜叉族二皇子的身份,硬生生护住了小蛮,自己却身受重伤。凌音及时赶到,加上云凡的掩护,奄奄一息的龙幽被送回了蜀山。
迷迷糊糊的龙幽紧紧地拽着小蛮的手,凌音的心里很不是滋味。她早就知道龙幽的选择,却总是自欺欺人,抱着一丝希望。
此番一战,蜀山众人暂时驱退了幽冥人,但也损失惨重。蜀山的师兄弟因云凡的回归而充满信心,誓死守护蜀山和人间。云凡回到蜀山要向师父一贫禀告战况,恰巧碰到了还很虚弱的唐雨柔。血玉的力量已经恢复,这意味着雨柔可以一直活下去,也意味着她有希望和云凡永远在一起,这个意外惊喜让雨柔和云凡都欣喜若狂。
当枯木得到神兵灭世的幽冥力量之后,他暴露了目中无人的本性,放纵幽冥人在人间肆意杀戮,把人间搞得生灵涂炭。现在的枯木,眼里根本没有龙幽和姜世离。收到毒影和血手的报告之后,姜世离不禁自责于自己没有听从云凡的劝告,而是一意孤行,招来人间一场浩劫。
于是,姜世离带着毒影和血手与枯木对峙,命令其停止一切对人类作恶的行为。枯木自然不会听从姜世离的话,姜世离拖着被伏羲剑反噬的病体,想与枯木决一死战。在草谷居士的治疗下已经恢复身体的龙幽恰巧带着云凡回到净天教坛,连忙施展法术把姜世离带回了蜀山。
姜世离暂时在蜀山住了下来,蜀山的长老们不计前嫌接受了自责的他。云凡虽然担忧天下苍生,面对姜世离时却忍不住心里的雀跃,这毕竟是他等待了二十年的亲生父亲。云凡兴奋地给姜世离介绍蜀山的特产,还偷偷地为他缝补已经破旧的衣裳。姜世离深知自己罪孽深重,也觉得愧对云凡,他私底下把云凡拜托给雨柔,希望雨柔能好好地陪在云凡的身边。
还没等云凡把缝好的衣服拿给姜世离,姜世离就已经离开了。他托一贫道长把一包种子给了云凡,这是云凡的母亲曾经说过要带到幽冥界去的百香花种子,代表着他们夫妇对两界共处的美好期望。如今姜世离把种子留给了云凡,云凡知道他这是不打算再回来了。
枯木准备带兵攻打蜀山,姜世离单枪匹马来与枯木决战。枯木得了灭世神力,目中无人,根本不把姜世离放在眼里。姜世离表示自己就算粉身碎骨,也要阻止枯木攻占人间。云凡和龙幽来帮姜世离对付枯木,危急之际姜世离将云凡推了开来,不想让云凡陷入危险,自己则独自一个人对抗枯木。决斗过后,姜世离被枯木杀死。云凡悲痛欲绝,和龙幽一起回到了蜀山。七圣在书阁中讨论除掉灭世和枯木的方法,最终讨论出只能以伏羲剑和女娲血玉封印的力量去对付灭世。凌音和一贫都不同意这件事,因为如果一旦使用血玉的灵力,雨柔就会丧命。然而青石要大家为天下苍生考虑。
云凡为自己生父的死感到难过,觉得上天不公,让他爱的人都一个个地离开他,他要雨柔保证,无论如何都要陪着他,一直到老,雨柔答应,并发誓一定会一直和云凡在一起。雨柔敬酒拜谢父亲的养育之恩,感激师父的教导和救命之恩。龙幽和小蛮决定一起迎战枯木,龙幽承诺无论如何都会一直陪在小蛮的身边。枯木命令所有的幽冥士兵和他去攻打蜀山,可大家觉得这一切还是要经过龙幽的同意。枯木想一手遮天,杀了一个反抗他命令的人,震慑住了众人。云凡和雨柔回忆他们从刚开始认识到相爱的点点滴滴,二人心心相印。
枯木带领众幽冥人来攻打蜀山,七圣想要出战,被云凡、雨柔、龙幽和小蛮拦住,他们四人决定出战。四大世家和蜀山子弟一起与幽冥人开战,云凡一行四人去对付枯木。上官夫人不敌幽冥士兵,在危急时刻被蜀山弟子所救。枯木依靠灭世的力量变成了一个巨型怪物,云凡、雨柔、龙幽和小蛮几个人与他一番缠斗都无法敌过,几个人都受了伤。雨柔知道凭他们几个人的力量是不可能拼得过灭世的,决定以女娲血玉的力量去压住灭世,再用伏羲剑消灭枯木。云凡不同意雨柔送死,可雨柔为了天下苍生,非常坚决。
最终灭世的力量毁灭,雨柔也在云凡的怀中消失,云凡、雨柔和龙幽都伤痛欲绝。云凡恨天道不公,怀着仇恨杀了枯木。小蛮到幽冥界水源处恢复了幽冥界的水源,龙幽把龙溟在海螺中留下的最后遗旨给幽冥族的士兵听,让大家都知道了龙溟要求任何人不得以任何名义攻打人间。