当全世界被庞大的信息网络连为一体之时， 当人类身体之中的各种器官均可被人造化之时， 当几乎所有的人类都对自身进行了不同程度的改造之后， 那么，身体对于他们又意味着什么呢？ 噢！原来身体早已仅仅被视作一个电脑终端，一个容纳人类灵魂的容器罢！ 当电脑犯罪愈来愈猖獗和复杂之时， 当电脑犯罪愈来愈高科技化之时， 专门用来镇压高科技犯罪的特殊部队——公安9课诞生了，通称攻壳机动队。 队长即电子生化人草薙素子。 一个唯有记忆是自己的，其余身体的一切都不是自己的草薙素子。 当国际黑客“傀儡王”突然现身， 当“傀儡王”入侵了外务大臣的电脑， 当电子生化人的草薙素子前往追捕之时， 才发现，那原来不过只是个受操控的傀儡罢。 才惊觉，所谓“傀儡王”不过是个被设计的虚拟程序罢。 才了解，运作之中的“傀儡王”会不断产生自我意识，脱离控制。 谜底揭穿，真相大白，已经完全被电子化的草薙素子却被深深触动了。 迷茫、疑惑、不解…… 庞大的世界，只有记忆而无其他的她其实谁都不是，亦不知道自己是谁，该去往何方……